Мовсар Бараев неоднократно совершал теракты в городе Аргун, который Усман Ченчиев считает своей зоной. Это приводило к тому, что федеральное силы начинали проводить в городе спецоперации и «зачистки», в результате которых группировка Усмана Ченчиева несла ощутимые потери. Именно по этим причинам Усман Ченчиев и его соратник полевой командир Асламбек Абдулхаджиев, пользующиеся поддержкой главарей среднего звена, открыто заявили, что намерены убить Мовсара Бараева и его «прихлебателей», из-за которых федералы громят аргунский джамаат. Тем не менее Мовсар удержал свои позиции как среди руководства бандформирований, распределяющих деньги, так и среди подчиненных командиров мелких бандгрупп. Ему удалось наладить щедрое финансирование своей банды — деньги он получал от Хаттаба. Причем Хаттаб был на редкость щедр, передавая новоиспеченному командиру на организацию терактов и зарплату подчиненным весьма крупные суммы. По некоторым данным, ему досталось порядка 600 тысяч долларов. Всем же другим главарям деньги стали выделяться в последнюю очередь или вообще не выделяться. Подобное положение крайне возмутило полевых командиров-чеченцев, которые не хотели прислуживать Хаттабу. В результате часть чеченских командиров совершили убийство соратника М. Бараева эмира аргунского джамаата Асламбека Адиева, который ранее был комендантом Шалинского района Чечни. М. Бараев неоднократно обвинялся российскими спецслужбами в причастности к похищениям людей, многочисленным терактам на территории Чеченской республики. (В распоряжении спецслужб имеется видеокассета с кадрами физических истязаний людей, похищенных Бараевым с подручными. Видеозапись зафиксировала, как под пытками пленники «сознаются» в сотрудничестве с федеральными силами, а сам Бараев казнит русскую женщину, отрезав ей голову.)
Согласно сведениям чеченской милиции, Мовсар Бараев был одним из организаторов теракта в Алхан-Юрте 9 декабря 2000 года, когда был подорван заминированный автомобиль Москвич-412. Тогда погибли 20 человек и 17 были ранены. 21 августа 2001 года руководство ФСБ объявило о смерти М. Бараева. Приводились даже такие подробности, что Бараева ликвидировали во время спецоперации, в ходе которой «окружавшие боевика люди были хорошо вооружены и отстреливались до последнего». Примерно через неделю последовало еще одно официальное подтверждение смерти Бараева. 12 октября заместитель командующего группировкой войск в Чечне Борис Подопригора объявил о том, что «Бараев погиб под точечными ударами российской артиллерии и авиации». Из докладов военных стало ясно, что в горах Урус-Мартановского района был обнаружен большой отряд боевиков, который подвергся интенсивным бомбардировкам и артиллерийскому обстрелу. Среди погибших был якобы и Мовсар Бараев. Обычно в таких случаях военные стремятся предъявить труп (так, труп Арби Бараева показали перед телекамерами). Тело Мовсара не показали.