Реконструкция природных условий в эпоху неолита на территории Средней Азии затруднена из-за ограниченного количества пыльцевых данных, столь широко используемых при палеогеографических исследованиях в лесных и тундровых зонах СССР. В аридных районах очень редко встречаются органогенные, озерно-болотные отложения, пригодные для изучения методом спорово-пыльцевого анализа. В других континентальных (в частности, аллювиальных) отложениях пыльца и споры, как правило, содержаться в крайне незначительных количествах и зачастую не дают необходимой информации для обоснованных палеогеографических реконструкций. В тех редких случаях, когда пыльцевой метод применялся, полученные результаты оказались невыразительными, датировка слоев — или древнее, или моложе интересующего нас отрезка времени, так что применение их для восстановления состава растительности и общей климатической обстановки неолита сильно затруднено.
Учитывая эти обстоятельства, целесообразно сочетать пыльцевой метод с данными других палеоботанических анализов. Так, интересную группу палеоботанических источников представляют угли, собранные при раскопках поселений джейтунской культуры в Южной Туркмении. Несмотря на принадлежность углей только древесным породам, определения дают представление не только о древесной растительности, но и об общем характере растительного ландшафта. В коллекциях углей из неолитических стоянок обнаружены следующие виды: саксаул, клен, тамариск, тополь, ясень, вяз и можжевельник (
Комплекс таких пород, как тополь, клен, вяз и тамариск, свойствен современным тугайным или галерейным лесам, произрастающим в Средней Азии повсеместно, вдоль водостоков разной величины, от больших рек до мелких ручьев. Находки углей указанных пород в неолитических поселках, приуроченных к водным источникам, позволяют считать, что тугайные леса и в то время составляли важную часть растительных ландшафтов. Обращают на себя внимание находки углей можжевельника-арчи — породы, весьма характерной для горных лесов Средней Азии, но сейчас на северных склонах Копет-Дага встречающейся лишь на отметках свыше 1000 м.
Морфологический анализ углей из неолитических и более поздних многослойных поселений не только Южной Туркмении, но и Узбекистана и Таджикистана, дававший аналогичные результаты, позволяет говорить о сходстве ископаемого материала с современной древесной флорой этих районов. Данные спорово-пыльцевых анализов, фиксирующих во всех исследованных образцах высокий процент содержания травянистых растений, также свидетельствуют о наличии обширных открытых пространств с ксерофитной растительностью. Исходя из этих данных, Г.Н. Лисицына считает, что в неолите климат здесь был сухим, аридным, близким современному.
Известны и другие точки зрения на голоценовую историю Средней Азии. Это прежде всего касается пустынь Казахстана и Узбекистана, где известно немало неолитических памятников. Основным занятием этих племен были охота, рыболовство, собирательство и лишь на поздних этапах развития — скотоводство. Изучение распространения рассматриваемых памятников позволило А.В. Виноградову и Э.Д. Мамедову (1975) выступить с теорией о существовании в VII–III тысячелетиях до н. э. в Средней Азии влажного, плювиального климата («лявляканский плювиал»), сопровождавшегося увеличением осадков от 250 до 450 см и смещением ландшафтно-климатических зон на юг почти на 1000 км (