Прямые свидетельства о земледелии у гиссарцев не имеются. Отсутствует комплекс материальной культуры, характерный для раннеземледельческих культур Средней Азии, Кавказа, Ближнего Востока (наземные глинобитные дома, окультуренные зерна злаковых растений и проч.). Правда, в основании горизонта II Туткаула и Тугузаке имеются единичные каменные мотыги и вкладыши жатвенных орудий. Однако, судя по трасологическим и экспериментальным данным, последние служили для срезания травы или диких злаков. Мотыги же, видимо, связаны с устройством землянок на открытых поселениях, вроде той, что обнаружена в Туткауле. Данные палинологического анализа показали полное отсутствие в Южном Таджикистане доместицированных злаков.
Собирательство являлось второй после охоты вспомогательной отраслью хозяйства, о чем свидетельствует наличие в ранних гиссарских горизонтах вкладышей жатвенных орудий, которые использовались для срезания травы и диких злаков.
Район низкотравного пояса Таджикистана входил в зону произрастания эгилопса и дикого ячменя. Не исключено, что с жатвой этих злаков были связаны найденные в Туткауле и Сай-Сайеде примитивные вкладышевые серпы. В них можно усмотреть первые специализированные жатвенные инструменты древнего собирательства, указывающие на технологическое усложнение производственного процесса.
В гиссарских племенах следует видеть горных скотоводов, которые находились на уровне усложненного собирательства, но так и не пришли к земледелию. Наличие отмеченных выше территориальных групп гиссарских поселений и концентрация мелких местонахождений вокруг крупных базовых поселков свидетельствует, вероятно, о существовании особой культурной общности, которая объединяла несколько родственных племен. Территория, занятая каждым племенем, довольно значительна. Например, нурекская группа памятников охватывает площадь от г. Нурека до кишлака Дагана — примерно 100 кв. км (
Проблема генезиса гиссарской культуры может решаться на основе стратиграфии и сравнительных данных. Анализ материала из слоя 2а Туткаула, подстилающего раннегиссарский горизонт, показал неразрывную генетическую связь этих комплексов. Различия между ними заключаются лишь в процентном отношении галечного и кремневого элементов и наличии в горизонте 2а таких орудий, как удлиненные низкие сегменты и острия типа перочинного ножа или шательперрон. Таким образом, исходя из общей характеристики индустрии горизонтов 2 и 2а Туткаула и их стратиграфического положения, можно говорить, что они находятся в тесной генетической зависимости. По мнению В.А. Ранова и Г.Ф. Коробковой (1971), культура носителей комплекса слоя 2а Туткаула явилась субстратом, на основе которого сформировалась собственно гиссарская культура. Следовательно, она возникла на местной мезолитической основе. Спорен лишь вопрос о генезисе слоя 2а Туткаула. По мнению В.А. Ранова, в его формировании участвовал комплекс Шугноу (1969; 1973). Г.Ф. Коробкова отвергает эту гипотезу из-за отсутствия в шугноуском материале галечных орудий — основного для гиссарской культуры типа изделий. Кроме того, в Шугноу индустрия представлена пластинчатой техникой, и основными заготовками служили широкие пластины (длиною до 10–12 см), оформленные затупливающей краевой ретушью, а орудиями — специфические острия, совершенно не известные в гиссарских памятниках. По предположению Г.Ф. Коробковой (1975), в сложении комплекса 2а участвовала местная культура типа Самаркандской стоянки и горизонта 3 Сай-Сайеда.
Таким образом, в VI тыс. до н. э. на юге Средней Азии развивались две историко-культурных общности — джейтунская и гиссарская, обладавшие разными техническими традициями и хозяйственными основами, разным набором инвентаря и соотношением типов орудий, но имеющие определенные черты сходства в изготовлении некоторых изделий, выполненных пластинчатой техникой. Возникает вопрос о неожиданном появлении в гиссарской индустрии (кровля горизонта II Туткаула) укороченных трапеций миниатюрных размеров с ретушированными боковыми краями, таких же мелких сегментов, вкладышей жатвенных орудий, скобелей классического типа, миниатюрных шлифованных тесел, в точности копирующих средне- и позднеджейтунские образцы и не оставивших следов в дальнейшей эволюции гиссарской индустрии. Не являются ли эти не свойственные большинству гиссарских памятников орудия объектом импорта из областей обитания джейтунских племен? С другой стороны, в памятнике среднего этапа джейтунской культуры — Гадыми-депе, расположенном у подножия Копет-дага, встречены галечные орудия, типичные для гиссарской индустрии. Возможно, это результат обратного влияния гиссарских племен на джейтунские, хотя допустимо конвергентное развитие этих форм.