Однако почти сразу проявилась и китайская специфика – начался и всё последующее время не прекращался поток китайский переселенцев в СУАР, Синьцзян-Уйгурский автономный район КНР. В итоге, количество этнических ханьцев, проживающих в стране уйгуров выросло с 4 % в 1949 году до 40 % к исходу XX века.
Китайская колонизация преимущественно велась военно-административными методами. Дивизии китайских коммунистов, вошедшие в Синьцзян с начала 50-х годов были переформированы в так называемый «Производственно-строительный корпус» (ПСК) численностью свыше 200 тысяч человек – 13 сельскохозяйственных и 3 рабочие дивизии принялись осваивать целину, строить дороги и прочую инфраструктуру. Работу в полях солдаты совмещали с боевой подготовкой. Вскоре директивой ЦК КПК солдатам корпуса разрешили жениться, наладив поток женщин из центральных районов Китая. К 70-м годам эта «трудовая армия» увеличилась до 700 тысяч человек, ею было построено в Синьцзяне свыше 20 тысяч новых китайских поселений.
Все эти десятилетия китайского освоения СУАР не обходились без стычек уйгуров и ханьцев, большинство таких фактов остается почти неизвестным в силу тотальной закрытости маоистского Китая. Известно лишь самое крупное такое столкновение 1962 года в Или-Казахском автономном районе Синцзяна на границе с советским Казахстаном. В китайской официальной истории эти события именуются «националистическим мятежом». Авангардом выступления стали рабочие нефтяных промыслов, среди которых было много ветеранов антикитайского восстания 40-х годов. В ходе подавления мятежа расстреляли и посадили в лагеря свыше 5 тысяч человек, от 60 до 100 тысяч уйгуров и казахов бежали через границу в СССР. Тогда же СУАР покинули и перешли в Советский Союз большинство русских офицеров, служивших в китайской армии.
Среди немногих ставших известными за пределами Поднебесной фактов этнических столкновений в Синьцзяне тех лет, есть и такой – в 1967 году в городе Шихедзы, втором по величине в СУАР, уйгуры убили свыше сотни и ранили свыше тысячи «хунвейбинов», приехавших сюда из Китая углублять «культурную революцию».
В 60-70-е годы на границе Синьцзяна и Казахской ССР произошло несколько вооруженных столкновений между советскими и китайскими войсками. Самое известное из них – бои у озера Жаланашколь в августе 1969 года. С конца 60-х годов Среднеазиатский военный округ СССР готовился воевать на территории Синьцзяна, внимательно изучая потенциальных противников и союзников на этой территории.
В 1980 году закрытый справочник для советских офицеров Среднеазиатского округа вполне в духе «ориентальных» описаний XIX века давал такую характеристику уйгурам:
Китайские власти, опасаясь этической и культурной близости уйгуров с тюркскими народами СССР, не только наглухо закрыли прежде прозрачную границу, но и перевели уйгурский алфавит с кириллицы на латиницу (все среднеазиатские республики СССР тогда пользовались исключительно кириллицей), а затем, в начале 80-х, вообще официально вернули арабский алфавит. Это была третья за 30 лет смена алфавита уйгурского языка в СУАР.