В 1862 году по данным царской полиции в якутской ссылке пребывало 709 «скопцов». Их преимущественно селили в тайге по рекам Алдан и Мая. Тогда они составляли самую крупную группу якутских ссыльных. Вторыми по численности после «скопцов», были прочие «раскольники» и «старообрядцы», их тогда среди ссыльных Якутии насчитывалось свыше шести сотен. Вскоре третьей самой крупной группой невольных обитателей тайги стали польские мятежники – участники вооружённого восстания в Польше. Например, много лет в Вилюйске провёл Иосафат Огрызко, руководитель польского подполья в Петербурге, которому смертную казнь заменили 20 годами якутской ссылки.
Ещё одну крупнейшую группу якутских ссыльных составляли «конокрады», в основном татары и башкиры. В 1870 году появился указ «Об административной высылке в Сибирь конокрадов и инородцев Оренбургского края». В тех местностях, действительно, были распространены целые преступные группировки, промышлявшие профессиональным угоном лошадей. Однако после указа по подозрению в конокрадстве стали ссылать целыми деревнями. При этом ссылка полагалась именно «на всегдашнее жительство в отдалённые места Восточной Сибири» – то есть в Якутию. В тайге по обоим берегам Лены тогда оказалось несколько тысяч настоящих и мнимых «конокрадов», что даже вызвало первые в Якутии протесты местных жителей против новых поселенцев.
В царской России до начала XX века существовала и особая церковная ссылка – когда высшие иерархи православной церкви своей властью могли ссылать священников и монахов. Такие решения церковных властей исполняли власти государственные, в 1858 году решившие, что лучшим местом для «разжалованных лиц духовного звания» будет именно Якутия. Сослать на берега Лены могли, например, за самовольную отлучку из монастыря.
Некоторые формулировки причин церковной ссылки – «За нетрезвую и буйную жизнь» – удивляли даже не склонное к сантиментам царское начальство в Якутии. Однако по полицейской статистике именно эта категория ссыльных, действительно, отличалась наибольшей склонностью к пьяным загулам. Как писал один из очевидцев, Якутск по прибытии очередного этапа с осуждёнными «был наводнен ссыльными по православному ведомству, которые буквально терроризировали горожан, ходили по домам, попрошайничали, а некоторые дебоширили в пьяном виде…»
Самой тяжелой по праву считалась ссылка в самую отдаленную и северную часть Якутии – колымскую тундру. Вот как описывал жизнь на берегах Колымы бывший студент Московского университета Сергей Мицкевич, в конце XIX века сосланный за революционную деятельность в заполярный город Среднеколымск: «Здесь никогда не ездили на телегах, и местные жители не видали колеса; они не видали, как растут хлебные злаки, никогда не едали фруктов – даже яблок, груш, слив, арбузов; только двое жителей имели огороды, в которых росли капуста, картофель, морковь, репа, лук. Жители не видали свиней, овец, коз, кошек, не видали домашних птиц – кур, уток, гусей. Из домашних животных были только лошади, коровы и собаки, в округе ещё олени…»
Не удивительно, что в тяжелых условиях Севера порой вспыхивали бунты и столкновения ссыльных с властями. Особенно активно протестовали оказавшиеся на берегах Лены революционеры. Так в марте 1889 года в Якутске произошёл бунт трёх десятков ссыльных, протестовавших против решения местной полиции спешно отправить их на Колыму без должной подготовки к полуторамесячному походу через приполярную тундру. У революционеров нашлось два револьвера, они смертельно ранили одного полицейского. Но винтовки конвойных солдат оказались сильнее – шестерых бунтовщиков застрелили, троих участников бунта спустя несколько месяцев приговорили к смерти и повесили во дворе городской тюрьмы Якутска.
В 1904 году в столице Якутии произошла целая «осада», когда полсотни ссыльных революционеров, забаррикадировавшись в одном из домов в центре города, больше двух недель противостояли полиции и солдатам. Революционеры протестовали против ужесточения полицейского надзора и избиений их товарищей во время конвоирования к местам ссылки.
Однако по меркам последующей истории XX века количество именно политических ссыльных в Якутии было относительно небольшим. Так по данным полиции на 1 января 1913 года на берегах Лены и Колымы отбывало ссылку 446 человек, осужденных за революционную деятельность. К началу 1917 года таковых в Якутии оставалось три с половиной сотни.
Революция вмиг поменяла историю якутской ссылки. Один из местных ссыльных, народоволец Василий Панкратов, через несколько месяцев даже оказался главным конвоиром свергнутого царя.