И военнослужащие, и гражданские терялись в догадках из-за неопределенности дальнейшего существования соединения на территории Грузии, неясности перспектив вывода войск на территорию Российской Федерации. Длительное время правительство Российской Федерации и главком ВМФ не могли принять какое-либо политическое решение, а эмиссары вновь создаваемых Военно-морских сил Грузии вели пропаганду о переходе кораблей и судов под юрисдикцию Грузии. Не отставали от них и украинские агитаторы, предлагавшие перейти под юрисдикцию Украины. Но позиция экипажей боевых кораблей бригады охраны водного района и судов обеспечения была однозначной — служить только России. Неоднократные обращения во все инстанции, включая президента РФ Ельцина, не давали никаких результатов. И тогда в апреле 1992 г. на кораблях и судах бригады взвились Андреевские флаги.
В июле 1992 г. наконец-то было принято решение о передислокации бригады со всеми структурными подразделениями из порта Поти в порт Новороссийск. Но из-за неготовности инфраструктуры Новороссийска к приему кораблей, судов, штабов, личного состава, техники и запасов материальных средств начало перехода судов постоянно откладывалось. Переход состоялся лишь в декабре 1992 г. в условиях жестокого шторма.
Из Поти было выведено:
— боевых кораблей и катеров — 18, в Поти оставлено 2 десантных катера;
— морских судов различного назначения — 3, в Поти оставлено 6.
Грузии были также оставлены 9 вертолетов и аэродром «Мерия» со всей инфраструктурой.
«Оставшиеся в Грузии корабли, суда, вертолеты, вооружение, имущество, хранилища, учебный центр и инфраструктура оцениваются на сумму порядка 110 млн. долларов США»{34}
.Летом 1993 г. ситуация на Черноморском побережье Абхазии и Грузии крайне обострилась. Поэтому 14 июня к берегам Грузии с миротворческой миссией отправился отряд кораблей Черноморского флота в составе двух больших десантных кораблей, сторожевого корабля «Пытливый», морских тральщиков «Разведчик», «Снайпер», спасательного буксира «Шахтер», бота ВМ-154 и гидрографического судна «Березина». В задачу отряда входили доставка гуманитарных грузов и вывоз трех тысяч беженцев. Выход кораблей был санкционирован президентами России и Украины.
27 сентября 1993 г. корабли Черноморского флота закончили операцию по эвакуации беженцев из района грузино-абхазского конфликта. Из Сухуми в Поти и Сочи было вывезено около 3,5 тысячи человек. В этот же день было заключено соглашение о второй и третьей операциях по вывозу беженцев, которых оставалось еще около 6 тысяч человек. В операциях участвовали морской тральщик «Снайпер», спасательное судно «Эпрон», гидрографическое судно ГС-402, танкер «Свента». Также были привлечены большие десантные корабли «Константин Ольшанский» и БДК-69, сторожевой корабль «Ладный», которые 29 сентября завершили третью операцию Черноморского флота по вывозу беженцев из Сухуми в Пота. Было вывезено около 3 тыс. человек.
В 1992–1994 гг. кораблями и судами Черноморского флота в ходе эвакуации из Поти, Батуми, из района абхазо-грузинского конфликта были вывезены 66 995 человек, 5384 т боеприпасов, 688 т инженерного боезапаса, 802 единицы техники. Для обеспечения жизнедеятельности группы российских войск в Закавказье перевезено 1685 т продовольствия и 9436 т топлива.
А Республика Грузия, получив независимость, начала испытывать все трудности переходного периода, особенно отсутствие флота для защиты своих интересов на море. Поэтому по просьбе правительства Грузии 20 октября 1993 г. в район Поти вышел малый противолодочный корабль для обеспечения совместного со сторожевым кораблем «Пытливый» безопасности мореплавания. 1 ноября вышел еще один отряд кораблей Черноморского флота. 4 ноября в Поти высадилась морская пехота Черноморского флота, прибывшая для выполнения задач миротворческой миссии с целью охраны жизненно важных стратегических объектов и транспортных коммуникаций.
19 ноября, после выполнения задачи, основные силы оперативно-тактической группировки Черноморского флота — морская пехота, подразделения береговых войск, три десантных корабля, сторожевые корабли «Сдержанный» и Пытливый», тральщик «Зенитчик», бот СБ-524 — вернулись в Севастополь. До 30 ноября в Поти оставались большие десантные корабли «Красный Кавказ» и БДК-54, тральщик «Снайпер» и морская пехота. 7 декабря в Севастополь вернулись последние черноморцы, выполнявшие задачи в Поти.
14 февраля 1995 г. на встрече глав государств СНГ в Минске при подписании документов по военным вопросам президент Украины Кравчук заявил: «Мы имеем право создать свой флот на базе части сил Черноморского флота. Мы никогда не заявляли, что хотим присвоить весь Черноморский флот».