Крупнейшим в составе Гидрографической службы Черноморского флота являлся 176-й отдельный дивизион океанографических исследовательских судов, базировавшийся на Севастополь. С 1990 по 1997 г. он потерял половину своего состава. Крупное судно «Адмирал Владимирский» в 1990 г. убыло на ремонт в Польшу и оттуда перешло в Кронштадт. Два очень удачных судна — «Василий Головнин» и «Фаддей Беллинсгаузен» — проданы татарской фирме «Акар» для челночных рейсов в Турцию. Суда имели ледовые корпуса и могли использоваться как транспорты оружия и боеприпасов, что, учитывая слабость пограничных сил Украины, вполне реально. Гидрографическое судно «Ай-Тодор» из-за небольшой осадки являлось прекрасным снабженцем для отдаленных постов маячной службы, но продано в Одессу коммерсантам.
В наличии же остались лишь суда «Гидролог», «Донузлав» (пр. 862 М), «Березань» и «Челекен» (пр. 861).
Почти не пострадало другое крупное соединение — 422-й дивизион гидрографических судов в составе: ГИСУ «Створ» (пр. 862), ГС-78 (пр. 870), ГС-273 (пр. 871) и ГС-402 (пр. 872). К дивизиону также приписаны четыре больших гидрографических катера: БГК-100, БГК-231, БГК-635, БГК-713 (пр. 1896) и пять малых катеров: МГК-592, МГК-705, МГК-485, МГК-676, МГК-706, часть из которых продали коммерсантам в качестве прогулочных катеров.
Под юрисдикцию Украины полностью перешел так называемый 46-й район ГС, базировавшийся на Одессу. Но и украинское командование не удержалось от соблазна «зашибить деньгу». Крупное и еще новое гидрографическое судно ГС-401 (пр. 872) было продано частной фирме «Гесс» в Севастополе. Судно переоборудовали для челночных рейсов в Турцию. В 2007 г. «Гесс» списали и разделали в Инкермане на металлолом
В 1992 г. в Одессе базировались ГС-212 (пр. 871) и шесть малых гидрографических катеров, часть из которых также продали коммерсантам. В 1993 г. ГС-212 вошел в состав ВМС Украины (бортовой номер U601).
Украине также достались 60-й гидрорайон в Керчи и 156-й участок в Николаеве, располагавшие тремя гидрографическими судами, семью большими и девятью малыми гидрографическими катерами. Из них ГИСУ «Память Меркурия» продали фирме «Сата» (Симферополь). 26 января 2001 г. «Память Меркурия», выполняя рейс Евпатория — Стамбул — Евпатория, из-за плохо закрепленное груза получило сильный крен и затонуло. В результате катастрофы погибло 3 члена команды и 5 пассажиров, пропали без вести 4 члена команды и 8 пассажиров, утеряно судно и груз.
Гидрографические суда ГС-82 и ГС-103 (пр. 870) нуждались в среднем ремонте. Часть катеров также была продана частным коммерческим структурам.
При разделе флота в 1997 г. ГС-82 было передано Украине, получив там новое наименование — бортовой U600. Впоследствии судну вернули его прежнее название ЕС-82 и передали гражданской службе — Николаевскому отделению государственного предприятия «Госгидрография» Украины. ГС-103 в 1997 г. вошло в состав российского Черноморского флота. В настоящее время находится в составе Новороссийского участка гидрографии, с базированием на Новороссийск.
Полностью ликвидирован 55-й гидрорайон в Поти, а пять малых гидрографических катеров — МГК-424, МГК-647, МГК-1232, МГК-1424, МГК-1628 — были захвачены Грузией и использовались боевиками. В результате этого побоища практически уничтожено навигационное обеспечение в районах Кавказа, Керченско-Феодосийского, Одесского, Николаевского и Евпаторийского районов.
В составе 47-го гидрорайона (Севастополь) сохранились гидрографическое судно ГС-86 пр. 870 (в настоящий момент входит в состав ЧФ с базированием на Южную бухту Севастополя, активно используется по назначению), шесть больших и семь малых гидрографических катеров: БГК-22, БГК-77, БГК-244, БГК-697, БГК-775, БГК-1567 и МГК-678, МГК-1273, МГК-954, МГК-352, МГК-1001, МГК-1002, МГК-1099. Часть катеров также продана частным лицам для использования в качестве прогулочных судов.
Новороссийская база из состава 262-го участка ГС сохранила пять малых гидрографических катеров: МГК-500, МГК-614, МГК-634, МГК-1792, МГК-1914. В первые годы распада флота было ликвидировано еще три гидрографических подразделения, располагавших тремя большими, восемнадцатью малыми гидрографическими катерами и рейдовым катером. Это были 11-я и 23-я океанографические экспедиции, а также 55-я рейдовая гидрографическая служба.