В это же время часть руководства страны и представители СССР и ООН находились на Гератском направлении, через которое выводили группировку войск из Кандагара и Лашкаргаха. Яркими свидетельствами, которые характеризовали вывод наших войск из Афганистана, стали выступление Наджибуллы в июне в ООН и донесение советского посла в Афганистане и руководителя Оперативной группы Минобороны СССР в Афганистане по этому поводу.
Президент Наджибулла, в частности, заявил:
«Гибкость теперешнего руководства Афганистана включает также его решение отказаться от монополии на власть, введение парламента на основе партийного соперничества и представление всех политических, социальных и экономических прав и привилегий тем, кто возвращается». Предпринимаемые меры могли бы привести к положительному сдвигу в деле урегулирования «афганской проблемы» мирным путем, однако все они носили половинчатый характер, да и противоположная сторона (Пакистан и США) продолжала откровенно нарушать Женевские соглашения. Вооруженная оппозиция, пользуясь поддержкой своих покровителей, пошла на обострение ситуации в стране. После сокращения численности советских войск в Афганистане и отвода некоторых афганских воинских частей от границы с Пакистаном она создала там свои базы. Конкретные факты нарушения Пакистаном Женевских соглашений за несколько месяцев были изложены в многочисленных нотах МИДа Республики Афганистан, представленных в миссию ООН в Кабуле. Основными нарушениями являлись оказание Пакистаном помощи афганской оппозиции в подготовке мятежников в учебных центрах и лагерях, их формирование и снаряжение, а иногда и прямое участие пакистанских военнослужащих в переброске вооружения и боеприпасов на территорию Афганистана. После завершения первого этапа вывода ОКСВ резко увеличилось количество перебрасываемых в Афганистан караванов с военными грузами. Только в сентябре – октябре на его территорию прибыли 172 крупных каравана с оружием, предназначенным для активизации боевых действий против госвласти. Характерно, что переброски караванов и отрядов мятежников осуществлялись с разрешения пакистанских властей, которые выдавали специальные пропуска на автотранспорт и утверждали списки личного состава направляющихся в Афганистан. Для пополнения запасов стрелкового оружия и боеприпасов оппозиция переправляла в Пакистан захваченное у афганских частей тяжелое вооружение, где его обменивала или продавала пакистанским властям. По данным советских спецслужб, неоднократно отмечалась переброска мятежников, оружия и боеприпасов к афганской границе на автомашинах ВС Пакистана. Так, в конце сентября пакистанские ВС доставили в район Парачинар из Пешавара около четырех тысяч реактивных снарядов, которые впоследствии были переброшены в провинции Кабул, Логар, Пактия. После подписания Женевских соглашений руководство оппозиции при помощи властей Исламабада взяло курс на всяческое воспрепятствование процессу возвращения афганских беженцев на родину, привлекая для этого пограничников, отряды малишей и мятежников. Особенно частыми были случаи насильственных действий по отношению к беженцам в районах пограничных пунктов Ланди – Котал, Тери – Мангал и Чаман. Кроме того, в лагерях беженцев в Пакистане с ведома и при участии властей Исламабада была развернута активная пропагандистская деятельность по пресечению переселенческих настроений, вплоть до запугивания и публичных расправ. Поэтому, несмотря на усилия Афганистана по приему беженцев (развертывание сети палаточных городков, подготовка гостиниц, организация медицинского обслуживания и питания, выделение крупных финансовых средств в основном за счет безвозмездной помощи СССР), количество семей, возвращающихся из Пакистана, практически не увеличилось. При этом необходимо отметить, что около 80 процентов беженцев вернулись в Афганистан, минуя пограничные пункты.
Прямым нарушением Женевских договоренностей являлось также предоставление Пакистаном средств массовой информации для выступления ведущих лидеров оппозиции. В Пешаваре, Исламабаде и Кветте неоднократно организовывались крупные пресс-конференции и митинги с участием зарубежных журналистов. При штаб-квартирах мятежников продолжали действовать издательства, выпускающие агитационно-пропагандистскую литературу, которая впоследствии перебрасывалась в Афганистан.