Предполагалось, что значительная часть членов русской масонской группы войдет в ряды ложи, однако добиться единой политики по масонской работе в России не удавалось. Например, Великий Восток Франции формально соглашался на создание единой русской мастерской в Париже, однако настаивал на том, чтобы работы в ней велись только по французскому масонскому уставу. Это стало одной из причин того, что не «Пушкину» было суждено сыграть серьезную роль в возникновении новых лож в новой России.
27 апреля 1991 году высокопоставленная делегация Великого Востока Франции, в составе которой были досточтимый мастер ложи L’Oeuvre Fraternel; член редакции журнала «Humanisme», историк А. Комб; отставной полковник А.Б. Липский и др. прибыла в Москву.
На следующий день (28 апреля 1991 года) в Подмосковье произошло открытие первой за долгие годы ложи на русской земле, получившей традиционное название «Северная Звезда».
В апреле 1992 года под юрисдикцией Великого Востока Франции была основана ложа «Свободная Россия», 11 июля 1993 года — ложи «Девять Муз» и «Северные Братья», а 12 июня 1994 года, в Архангельске, ложа «Полярная Звезда».
Для руководства работами в России 19 декабря 1992 года в Париже была создана «административная» ложа под названием «Григорий Вырубов», которую возглавил А.В. Липский.
В августе 1991 года, в Москву прибыла делегация Великой Ложи Франции, а 30 августа состоялась церемония открытия ложи «Николай Новиков». В 1992 году Великой Ложей Франции были открыты ложи «Сфинкс» в Санкт-Петербурге и «Геометрия» в Харькове, а в 1993 году — ложа «Лютеция» в Москве.
14 января 1992 года, при помощи членов русской ложи «Астрея», в Париже была основана ложа «Гармония», руководителем которой был формально назначен российский гражданин, философ по образованию Г.Б. Дергачев.
В сентябре 1992 года в Москву прибыла делегация из семи французских высокопоставленных масонов Великой Национальной Французской Ложи (в их числе были М.В. Гардер и великий секретарь Ив Трестурнель), которая 7 (8) сентября 1992 года инсталлировала, уже в Москве, регулярную ложу «Гармония», получившую в списке Великой Национальной Французской Ложи № 698.
В 1992–1993 годах в союзе Великой Национальной Ложи Франции были основаны новые ложи: в Москве — «Лотос» (12 октября 1993 г.), в Санкт-Петербурге — «Новая Астрея» (с 1995 года — «Астрея»), в Воронеже — «Гамаюн».
Рост числа «регулярных» масонов в России происходил благодаря посвящению новых членов и регуляризации масонов из союзов Великого Востока Франции и Великой Ложи Франции. Например, в 1994 году перешли в регулярный масонский союз многие члены харьковской «Геометрии» и петербургского «Сфинкса», в 1996 году московской «Северной Звезды»; 18 октября 1997 года произошла регуляризация архангельской «Полярной Звезды».
11 июня 1993 года Управление юстиции г. Москвы выдало свидетельство за № 2743 о регистрации устава общественного объединения «Великая национальная ложа».
В качестве своих основных целей данная организация провозглашала «нравственное совершенствование людей, развитие духовного потенциала личности, утверждение в своей практике идеалов мира, любви и братства».
Таким образом, масонство в России стало легальной организацией, что позволило Великой Национальной Французской Ложе, вслед за образованием Великих Лож в Габоне, Кот д’Ивуар, Того и Бенине приступить к созданию подобной организации и в России.
Первая Великая Ложа России (ВАР) была основана Великой Национальной Ложей Франции 24 июня 1995 года. В ее состав вошло 5 законно учрежденных символических мастерских.
На церемонию создания этой уже независимой Великой Ложи приехала большая делегация из Франции: великий мастер Великой Национальной Французской Ложи Клод Шарбонье, З.-А. Петрашевский, русские члены парижских лож А.А. Римский-Корсаков, Н.В. Горчаков, В.В. Успенский, B.C. Шидловский, С.С. Пельтцер, Н.М. Яшвиль, К.Н. Котляров и другие. Последний из упомянутых для этой торжественной церемонии перевел на русский язык специальный ритуал создания Великой Ложи. Сама торжественная церемония была проведена в одном из залов Центрального Дома работников искусств.
Появилась в России и вся структура мастерских высших степеней «Древнего и Принятого Шотландского Устава». Это — ложа совершенствования «Сократ» (4– 14-я степени, основана 15 июля 1993 года) (№ 902 в регистре Великой Национальной Ложи Франции), суверенный капитул розенкрейцеров «Роза России» (18-я степень, основан 16 июля 1993 года) (№ 903), ареопаг «Святой Георгий» (30-я степень, основан 17 июля 1993 года) (№ 904), трибунал «Озирис» (31-я степень, основан 3 мая 1993) (№ 910), консистория «Михаил Гардер» (32-я степень, основана 15 (14) мая 1994 года) (№ 911).
6 июля 1996 году десять русских масонов, посвященных еще М.В. Гардером в высшую, 33-ю степень Древнего и Принятого Шотландского Устава, составили Верховный Совет России. Таким образом, регулярное масонство в России состоялось полностью.