Билли Карпентер, полковник ВВС, который сначала был главным американским инструктором, был заменен Лу, который, в свою очередь, был заменен Гаром, главным инструктором ЦРУ по воздушным операциям непосредственно во время вторжения. Среди других американских инструкторов были Билли Белт, молодой блондин Стивенс, который говорил кубинцам, что у него вставные зубы, потому что китайские коммунисты вырвали ему настоящие во время Корейской войны; и Сейг Симпсон, высокий мужчина с румяным лицом, у которого была жена-японка.
Ни один из инструкторов ЦРУ не использовал свою настоящую фамилию, хотя некоторые использовали правильные имена. Генерал Г. Рид Достер, начальник штаба Национальной гвардии Алабамы в Бирмингеме, использовал имя Рид, когда был в Реталулеу. Многие инструкторы ЦРУ были родом из Бирмингема. Несколько американцев были завербованы ЦРУ через подставное лицо в Майами из числа пилотов, которые летали на B-26 во время Второй мировой войны.
Экипаж B-26 в ходе вторжения состоял из двух человек, не было бортовых стрелков и пулеметов. Их убрали, чтобы освободить место для дополнительного топлива с целью увеличить дальность полета бомбардировщиков. Каждый бомбардировщик имел бомбовую нагрузку 1800 килограммов. Хотя нормативная масса снаряженного самолета B-26 составляет 1700 килограммов, эти бомбардировщики поднимались со взлетно-посадочных полос при массе 18 000 килограммов. Это были грозные военные машины, но реактивные самолеты Кастро могли летать выше и быстрее. А без хвостовых пулеметов бомбардировщики были беззащитны с тыла.
К этому времени учебные центры стали для Гватемалы щекотливой политической проблемой. В начале февраля Идигорас написал президенту Кеннеди письмо, в котором указывалось, что боевой дух в учебных центрах высок и что войска готовы к действиям. Он настаивал, чтобы вторжение началось немедленно. За этим ходом скрывалась озабоченность правительства Гватемалы, вызванная неспокойной обстановкой в учебных центрах. Правительство Гватемалы считало, что чем скорее начнется вторжение, тем скорее можно будет закрыть учебные центры и тем самым ликвидировать всю эту неприятную проблему.
С письмом Идигораса в Вашингтон вылетел Роберто Адехи. Он посетил президента Кеннеди в Белом доме и встретился также с Алленом Даллесом. Когда в конце февраля — начале марта обстановка стала накаляться, у ЦРУ и Комитета начальников штабов появились закулисные разногласия по поводу выбора места вторжения. Примерно через две недели после того, как Комитет начальников штабов пришел к выводу, что высадка в Тринидаде может иметь половину шансов на успех, ЦРУ предложило три других места высадки, решив отказаться от Тринидада — отчасти потому, что посадочная площадка там была слишком мала для приема самолетов В-26.
Начальники штабов изучили все три варианта и выразили мнение, что лучшим из трех предложенных мест высадки является залив Кочинос, но что шансов на успех здесь будет меньше, чем в Тринидаде, расположенном восточнее. Тем не менее они считали, что вторжение надо проводить при всех обстоятельствах.
Комитет начальников штабов избрал залив Кочинос главным образом потому, что в этом районе к побережью вели лишь две дороги. Эти дороги проходили по болотистой местности. Войска Кастро вынуждены будут двигаться по этим дорогам, где подвергнутся ударам авиации сил вторжения. Комитет начальников штабов предупредил, что по этой же причине силам вторжения будет труднее вырваться с плацдарма в районе залива Кочинос, чем в районе Тринидада. Однако военные эксперты ЦРУ считали, что залив Кочинос как место для высадки нисколько не хуже, чем Тринидад, и даже лучше.
В то время как в Вашингтоне развивались эти события, в Гватемале у ЦРУ были неприятности с группой кубинцев, выступавших против Артиме и капитана Хосе Переса Сан Романа, которых ЦРУ назначило начальниками. ЦРУ жестко поступило с раскольниками.
На самолете их доставили на удаленную посадочную площадку в районе Сайаксче в провинции Петен, откуда тайком на лодках переправили, мягко выражаясь, в «лагерь перевоспитания» ЦРУ. На самом деле это была тюрьма ЦРУ. Недовольных кубинцев освободили только после окончания событий в заливе Кочинос.
ЦРУ с самого начала взяло в свои руки политическое и оперативное руководство эмигрантским движением, стремясь оказывать предпочтение его более консервативным элементам. Теперь на сцене появилась соперничающая группа.
В мае 1960 года министр общественных работ в правительстве Кастро Маноло Рай порвал с новым режимом и ушел в подполье. В ноябре он бежал в Соединенные Штаты. Рай и его последователи принадлежали к «народному революционному движению», которое было сильным конкурентом слева для созданного ЦРУ «революционного фронта».
Так как день, назначенный для вторжения, быстро приближался, необходимо было что-то делать для предотвращения политического раскола в рядах эмигрантов. Подстегиваемые ЦРУ «революционный фронт» и «народное революционное движение» сливались в новую организацию — «кубинский революционный совет».