Кроме того, командование флота и разведки стало уделять все больше внимание радиоразведке как значительной и растущей силе флотской разведки. В береговой радиоотряд КБФ часто приезжал начальник разведывательного отдела флота капитан 2 ранга А.А. Филипповский. Во второй половине 1938 года отряд посетил начальник штаба флота капитан 1 ранга В.Ф. Трибуц, который внимательно ознакомился с организацией работы в нем, дав положительную оценку.
Широкая и успешная деятельность Информационного радиоразведывательного центра Черноморского флота так же поставила на повестку дня вопрос о реорганизации его в самостоятельную часть флота. 13 октября 1935 года ИРЦ был выведен из состава СНиС и преобразован в самостоятельную часть флота. Он стал именоваться Радиоразведывательным отрядом Черноморского флота. Штат предусматривал командование отряда, приемный центр и отделение материально-технического обеспечения. Отряду были подчинены четыре радиопеленгаторных пункта: три стационарных и один подвижный. Добавился еще один стационарный радиопеленгаторный пункт на мысе Дооб в районе Новороссийска. Фактическое отделение отряда от СНиС произошло в апреле 1936 года, когда командир отряда Кашанов начал издавать приказы по отряду. В приказе № 1 от 30 апреля 1936 года он поздравил личный состав отряда с Первомайским праздником и отметил лучших военнослужащих. В их числе были командир РККФ П.С. Черничкин, командиры отделений Г.М. Арсеньев, Д.С. Милынтейн, старшина-радист А. Касаткин. Вскоре радиоразведывательный отряд был переименован в Береговой радиоотряд, а радиопеленгаторные пункты – в береговые радиопеленгаторные пункты.
На Тихоокеанском флоте, несмотря на то, что в передачах японских береговых и корабельных радиостанций было довольно много открытых радиограмм с использованием специфических японских сокращений, они все же постепенно раскрывались радиоразведчиками. В декабре 1935 года главная радиостанция ВМС Японии передала боевое расписание флота на следующий год. Полная разработка текста и сокращений этой радиопередачи позволила определить организацию и состав эскадр флота и охранных бригад военно-морских баз Японии. Было установлено, что японский флот пополняется новыми кораблями (линкорами, крейсерами, эсминцами и подводными лодками). В итоге, деятельность Информационного радиоразведывательного центра Тихоокеанского флота стала все более принимать разведывательный характер и выходить за рамки компетенции СНиС флота.
Вместе с тем, с ростом на Тихом океане как своего военно-морского флота, так и военно-морских сил Японии, перед разведывательным отделом и СНиС флота ставились все более широкие и сложные задачи по освещению обстановки на театре, а перед ИРЦ Тихоокеанского флота – по добыванию полных и точных сведений о японском флоте и авиации. При этом радиосвязь ВМС и ВВС Японии продолжала последовательно усложняться как в организационно-техническом отношении, так и в части режимов и методов ее применения. Наряду с обеспечением надежности и оперативности радиосвязи особое внимание стало уделяться ее скрытности, секретности. В целях противодействия РЭР начали разрабатываться и внедряться различные технические, организационные и тактические меры радиомаскировки связи, нередко даже с очевидным ущербом для экономичности и быстроты управления. В радиопередатчиках появились устройства для изменения их тональности, расширилось применение бесквитанционных передач, сменных радиочастот (сезонных, сетевых, а также вызова, ответа, передачи и др.), сменных секретных радиопозывных кораблей и самолетов, стали засекречиваться служебные переговоры радистов, закрываться кодами и шифрами радиопередачи по вопросам деятельности кораблей и самолетов, упорядочиваться расписания работы радиостанций. Возможность добыть сведения о боевых силах вероятного противника привычными способами РЭР крайне сузилась.
В этих условиях, с целью совершенствования организационной структуры сил и средств морской РЭР, улучшения их специальной деятельности, приказом командующего Тихоокеанским флотом от 26 января 1936 года Информационный радиоразведывательный центр СНиС флота был переформирован в Отдельный радиоразведывательный отряд ТОФ с прямым подчинением начальнику разведывательного отдела. Командиром отряда был назначен майор береговой службы П.Н. Елков, заместителем – старший лейтенант П.Н. Грунский, начальником приемного центра 1-го класса (при отряде) – воентехник 1 ранга Г.А. Рачковский, начальником приемного центра 2-го класса (Советская гавань) – старший лейтенант В.В. Обухов. В составе оперативного отделения отряда предусматривались помощник начальника оперативного отделения и три оперативных дежурных, в составе приемного центра 2-го класса – переводчик-японинст. Всего на должности в отряде были назначены 64 человека, в том числе 49 радистов (некомплект составлял 76 человек).