После заключения Лениным позорного Брестского мирного договора с Германией западные союзники оказались в затруднительном положении. Они стремились к свержению советской власти, и при их участии летом 1918 года в Архангельске было образовано правительство Н. В. Чайковского. В августе в Архангельске высадились союзные войска — англичане, американцы и французы — под общим командованием английского генерала Пуля. Правительство Чайковского вызвало Миллера в Архангельск для принятия должности военного губернатора Северной области. Тем временем война на Западе закончилась капитуляцией армий кайзера Вильгельма.
Естественно, англичане предали забвению три цели своей высадки на севере России: овладение портами Мурманска и Архангельска, захват военного имущества в этих портах и главное — формирование русских войск с целью восстановления восточного фронта и продолжения войны с Германией.
После приезда в Архангельск в январе 1919 года, Миллер ведал иностранными делами правительства Чайковского. В августе 1919 года англичане заявили о своем уходе из Северной области. Ставши главнокомандующим войск Северного правительства, Миллер отклонил предложение англичан заодно эвакуировать и русские полки, общая численность которых не превышала 10 тысяч человек. Как ни трудно было положение, все же Миллер решил продолжать борьбу против большевиков, принося посильную помощь другим белым фронтам. Ни у него, ни у его предшественника по командованию Северным фронтом генерала В. В. Марушевского не было надежды на то, что молодая, едва сколоченная армия устоит. И в самом деле, в связи с роковыми неудачами на других белых фронтах, в феврале 1920 года ему пришлось оставить Архангельск. Остатки армии погрузились на ледокол «Козьма Минин» и яхту «Ярославна» и, провожаемые ружейным и пулеметным огнем восставших портовых рабочих и матросов, ушли в изгнание.
Устроив за границей эвакуированных жителей и военнослужащих, Миллер вернулся к антисоветской деятельности. По совету А. В. Кривошеина, бывшего царского министра земледелия и своего ближайшего помощника, правитель Юга России генерал П. Н. Врангель назначил Миллера главноуполномоченным по военным и морским делам в Париже. На этом посту Миллер оставался с июля 1920 по апрель 1922 года. В апреле 1922 года он был назначен начальником штаба Врангеля. В июне 1923 года Миллер перешел в распоряжение великого князя Николая Николаевича и ведал денежными суммами, которые Врангель передал великому князю.
В 1929 году Кутепов назначил Миллера первым заместителем председателя РОВСа.
Миллер принадлежал к тем служилым людям старой России, у которых личное было всегда на заднем плане. Воспитание, полученное в семье и школе, определило его жизненный путь. Смысл жизни — не служба ради карьеры, но служение отечеству, готовность в любой момент принести себя в жертву ради блага страны.
Будучи выдающимся стратегом, не в пример многим иным офицерам Генерального штаба, заботившимся прежде всего о своей карьере и громкой славе, он всегда держался скромно. Он следовал доброму завету Николаевской академии генерального штаба — если работа начальника штаба принесла блестящие результаты, то ему не следует приписывать их себе и не оспаривать успеха, выпавшего на долю командира. Поэтому лавры победы в Галиции достались престарелому генералу Плеве. Скромность Миллера была поразительной. Когда командир 2-го армейского корпуса генерал Флуг поздравил своего соседа, командира 26-го корпуса, с победой под Кимполунгом, то Е. К. Миллер ответил, что своим успехом обязан предшественнику, разработавшему план операции.
Идеальный офицер генерального штаба, Миллер был совершенно лишен честолюбия. Волевой, тактичный, доступный для подчиненных, скупой на слова, исключительно трудоспособный и энергичный, он жил для России и ее армии. Был и прекрасным семьянином, но строго отделял дела служебные от дел семейных.
Его жена, Наталья Николаевна, говорила, что деловая жизнь ее мужа была для нее закрытой: «Бывало, придет домой. Я спрашиваю его — какие были новые знакомства, встречи, разговоры? — Он отвечает: „Сейчас, сейчас“. — „Да, да, знаю, сейчас будешь рассказывать меню обеда“. Только меню обеда он мне и рассказывал. Ни одного слова о делах».
Миллер был человеком долга. Возглавил белое движение на севере России не в силу личных амбиций, но по зову долга перед родиной. Так же по зову долга стал председателем РОВСа после похищения Кутепова.
Наследство А. П. Кутепова
Благодаря деятельности Кутепова, РОВС вырос в крупнейшую организацию русского Зарубежья. Сплоченный вокруг испытанных боевых командиров, любовно хранивший армейские и полковые традиции, спаянный воинской дисциплиной, РОВС, словно магнит, притягивал к себе множество других эмигрантских организаций. Все в нем сохранялось, как в настоящей армии. Активная часть эмиграции возлагала на него надежды как на силу, способную успешно бороться с коммунизмом. Недобрым и тревожным взглядом взирало на него ОГПУ.