Еще, когда террористической организацией «Народная воля» — одной из первых начавшей политический террор в России, был убит Александр II, переживший до этого пять неудачных покушений[88], при расследованиях было вскрыто наличие военного крыла народовольцев и планы по захвату власти с активным участием военнослужащих[89].
Александр III предпринял энергичные меры для стабилизации политической системы страны и защиты армии, за что отвечал созданный Департамент полиции в составе МВД, в который в 1889 году был введен Особый отдел, ставший основным контрразведывательным органом. В структуре Главного управления Генерального штаба ГУГШ функции защиты информации и разведки осуществляло Военно-учетное отделение.
Систему дополняли принципы, заложенные Высшей военно-секретной полицией[90] еще со времен Барклай-де-Толли, позволявшие использовать офицеров Генерального штаба, которые назначались адъютантами штаба и штаб-офицерами, для выполнения задач разведки и контрразведки в западных приграничных округах[91].
Капитан Генерального штаба Нечволодов, зачисленный в 1989 году в корпус генштабистов, впоследствии служил старшим адъютантом штаба 4-й пехотной дивизии, а затем штаб-офицером для особых поручений при штабе Варшавского военного округа.
Пройдя ценз[92] командиром роты в родном гвардии Павловском полку и батальона в пехотном Ваврском полку Варшавского военного округа, он вновь назначается офицером для поручений при штабе 6-го армейского корпуса, где получает в 1993 году Орден Святого Станислава 3 степени, а затем, получив звание подполковника, штаб-офицером направляется в штаб Кавказского ВО.
В апреле 1896 года капитан Нечволодов предотвратил хищение для тифлисских эсеров оружия со склада 1-го Эрзерумского полка в Поти. В январе 1897 года с его помощью в Батумском порту арестован турецкий транспорт, завозивший в страну взрывчатые вещества, а в марте пограничной стражей задержан караван с грузом контрабандного золота и типографских форм для оттисков русских денежных ассигнаций[93].
В 1901 году по ходатайству командира корпуса жандармов генерала Джунковского, получившего полномочия руководства контрразведкой, Нечволодова, как офицера Генерального штаба, командируют в штаб Варшавской крепости начальником строевого отдела[94], где он занимается разработкой каналов снабжения из Польши подрывных организаций. Варшавский военный округ считался самым ответственным форпостом России, защищающим государство от европейских бурь.
Нечволодов видел, что за спиной революционеров, пекущихся о «народных интересах», стоит мощный экономический капитал, влияющий на политику, сталкивая страны между собой в военно-экономическом противостоянии и подрывая их изнутри. В этом году он был награжден второй наградой — Императорским Орденом Святой Анны 3 степени[95].
В «Автобиографических заметках» Нечволодов напишет:
В январе 1902 года в Варшаве в результате расследования с участием офицеров отделения Штаба округа, военных агентов Генерального штаба и Департамента полиции Министерства внутренних дел был арестован сотрудник Варшавского штаба округа А. Н. Гримм, регулярно передававший в Вену и Берлин особо секретные военные документы русской армии. По свидетельству начальника Разведывательного бюро австрийского Генерального штаба Макса Ронге, «разведывательной деятельности против России был нанесен тяжелый удар», а русскими контрразведчиками получен опыт разоблачения тайного агента, работавшего в одном из важнейших штабов империи.
В январе 1902 года японский посланник в Лондоне барон Хаяси и министр иностранных дел Великобритании лорд Ленсдаун заключают соглашение против России, как главного потенциального агрессора, что стало основой втягивания Японии в противостояние с Россией. Хотя разведка и «прозевала» этот договор, для Генерального штаба угроза войны была очевидна.