Решающим был вклад Либермана в победу Биньямина Нетаниягу на прямых выборах премьер-министра в 1996 году. Во время предвыборной кампании казалось, что Авигдор в состоянии находиться в нескольких местах одновременно. Он ездил по всему Израилю, встречался с людьми, настраивал их на работу, помогал, инструктировал, убеждал. Работа в агитационных штабах Ликуда кипела круглосуточно. Ивет изобрел собственный метод подсчета потенциальных голосов. Его блокнот был испещрен столбцами цифр, понятных одному ему. За три дня до выборов, в пятницу, все газеты страны вышли с огромными «шапками»: «Шимон Перес лидирует с огромным отрывом!». Этому верили многие, но — не Либерман. Обзвонив всех координаторов партии в городах и сверив их информацию с цифрами в своем блокноте, вечером перед выборами он сказал Нетаниягу: «Мы победим с небольшим отрывом». 29 мая 1996 года, в 22:00' Нетаниягу закрылся в комнате с супругой Сарой в ожидании показа по телевидению предварительных результатов выборов.
Хаим Явин, диктор телевидения, с восторгом сообщил: «Победил Шимон Перес!». Нетаниягу попросил Либермана зайти к нему. «Ну, что скажешь?» — спросил он. «Этого не может быть, — ответил Либерман. — То, что они говорят, не совпадает с моими расчетами. По моим прикидкам победили мы». И действительно, к утру, когда был завершен подсчет голосов, выяснилось, что победил Нетаниягу.
После выборов новый премьер назначил Авигдора Либермана генеральным директором министерства главы правительства. (За это журналисты, любящие блеснуть красивым словцом, прозвали Либермана «директором Израиля»). Ему же он поручил вести переговоры по созданию правительства. Либерман провел эту работу быстро и эффективно: новый кабинет был представлен президенту в рекордно короткие сроки.
В министерстве главы правительства Либерман сразуже, как и в Ликуде, взялся за наведение элементарного порядка. По своему объему и трудоемкости эта работа напоминала легендарную расчистку авгиевых конюшен. Журнал «Некуда» писал: «Либерман — единственный человек в Израиле, осознавший, что в мае 1996 года власть в стране сменилась. Пока министр юстиции Цахи Анегби изъясняется экивоками и сложноподчиненными наукообразными конструкциями, призванными придать ему вид прогрессивного мыслителя, Либерман стреляет очередями с бедра на поражение».
Министерство главы правительства — генеральный штаб административной власти в стране. Обязанностей и проблем у человека, возглавляющего его, хватает с избытком. Кроме того, в силу занимаемой должности, Либерман возглавлял комитет генеральных директоров всех министерств. Он направлял деятельность этого органа, продвигая многочисленные жизненно важные для страны проекты: от просветительской программы «Компьютер каждому ребенку» до плана мероприятий в свете угрозы, созданной оборонным сотрудничеством России с Ираном.
Либерман реформировал всю структуру работы в канцелярии главы правительства. Постепенно его подчиненные оценили нового начальника. Оказалось, что, в отличие от некоторых своих предшественников, он человек слова. Ивет был прост в общении, никогда и ни с кем не был заносчив или груб. Всегда внимательно выслушивал собеседника и был готов принять его мнение, если оно было аргументированным и полезным. Единственное, чего Ивет никогда не прощал своим подчиненным — формальное отношение к своим обязанностям. Его сотрудники должны были отдаваться работе целиком и полностью. Так же поступал и он.
Правительство Рабина — Переса оставило после себя массу проблем во внешней и внутренней политике и экономике страны. Бюджетный дефицит перешагнул все допустимые пределы, народное хозяйство, все еще базировавшееся на неповоротливых и убыточных государственных монополиях, стояло на грани глубочайшего кризиса. Уже в первые месяцы новое правительство благодаря работе, проделанной Либерманом, сумело значительно сократить госбюджет и остановить инфляцию. Управление государственных компаний было передано из ведомства Минфина в подчинение министерству главы правительства. Это позволило начать реализацию программы приватизации. В казну потекли миллиарды шекелей — поступления от продажи таких гигантов как «Банк Апоалим», компании «Химикалим ле-исраэль» и др.
Несмотря на погруженность в решение внутреизраильских проблем, Либерман не терял из виду и международные дела. Он стал одним из авторов концепции нового внешнеполитического курса Израиля в отношениях с Россией и другими странами СНГ, Балтии и Восточной Европы, в основу которого положена идея стратегического партнерства.
Либерман активно искал пути решения жилищной проблемы. Он стал инициатором земельной реформы, суть которой сводится к расширению земельных фондов небогатых муниципальных советов с целью промышленной и жилой застройки высвободившихся земель.