В мае Хрущёв совершил политическую ошибку, которую ему впоследствии тоже припомнили. Во время визита в Египет, где в это время с помощью Советского Союза строили Асуанскую плотину на Ниле, Хрущёв получил из рук президента ОАР Насера орден «Ожерелье Нила». Насер был очень благодарен Хрущёву, в том числе за то, что СССР поддержал Египет во время Суэцкого кризиса 1956 года. Согласно правилам международного этикета, Советский Союз должен был в ответ наградить Насера. Вопрос об учреждении ордена, которым можно было бы награждать деятелей не только социалистических, но и капиталистических стран, Хрущёв уже поднимал. Однако такой орден пока не учредили. Никита Сергеевич проконсультировался с послом СССР в Египте, что же соответствует «Ожерелью Нила». Оказалось, что адекватным ответом будет только самая высшая награда страны. Поэтому Хрущёв присвоил Насеру звание Героя Советского Союза. Такую же высокую награду получил и вице-президент Египта маршал Амер. Этого делать не стоило – Насер и Амер во время Второй мировой войны выступали против Британии, и такой шаг явно не улучшал отношение к СССР.
В октябре 1964 года Хрущёв отдыхал на даче в Пицунде. А в Кремле тем временем на заседании Президиума ЦК КПСС Суслов, Шелепин и другие заговорщики, в том числе и Л. И. Брежнев, обсуждали вопрос о снятии Хрущёва со всех занимаемых им постов. Заговорщиков поддерживал министр обороны СССР Р. Я. Малиновский. Слухи о возможном сговоре доходили до Никиты Сергеевича и раньше, известно, что он даже спрашивал Подгорного: «Вы что там, задумали выступление против меня?» Подгорный заверил Хрущёва в том, что это неправда, и глава государства не придал слухам должного значения.
13 октября на дачу в Пицунде позвонил Брежнев и сообщил, что в Москве планируется Пленум ЦК, на котором будут обсуждаться предложения Никиты Сергеевича по сельскому хозяйству. Хрущёв полетел в Москву.
По рассказу одного из охранников Хрущёва Анатолия Михайлова, как только самолет поднялся в воздух, Никита Сергеевич вышел в общий салон. Он был явно расстроен и нервничал. Походив по салону в раздумье, Хрущёв постучал в дверь кабины пилотов. Ему никто не ответил. Подождав, Никита Сергеевич снова постучал. Не дождавшись ответа, он обратился к начальнику подразделения, которое охраняло его на отдыхе: «Майор! Приказываю экипажу лететь на Киев! В столице – заговор!» Майора, по-видимому, проинструктировали, как себя вести в этом случае: он делал вид, что ничего не понимает. Хрущёв обратился к охранникам: «Товарищи, заговор! Поворачивайте на Киев!» Но те не имели права отвечать.
Понимая безнадежность своего положения, Хрущёв все же не сдавался: «Полковник! Ты – Герой Советского Союза! Поворачивай на Киев. Это – мой последний приказ!» – кричал он майору. Тот не издавал ни звука. «Ребята! Вы все – Герои Советского Союза! Летим на Киев. Там – наше спасение…» – повторил он охранникам.
Убедившись в том, что его не слушают, Никита Сергеевич покинул общий салон.
На аэродроме самолет встречал не традиционный лимузин, а «ЗИЛ» охраны. Увидев его, Хрущёв взорвался: «Предатели! Христопродавцы! Перестреляю, как собак!» Послышались глухие рыдания.
Однако когда Никита Сергеевич спустился по трапу к ожидавшему его председателю КГБ Семичастному, он, по словам последнего, был абсолютно спокоен.
В тот же день 13 октября состоялось заседание Президиума ЦК. Хрущёв отклонил все обвинения членов Президиума, из которых в поддержку Никиты Сергеевича выступил только Микоян. Заседание перенесли на следующий день. Вечером Хрущёв позвонил Микояну и сказал: «Если они не хотят меня, то пусть так и будет. Я не буду больше возражать».
На следующий день Президиум ЦК рекомендовал избрать первым секретарем ЦК КПСС Л. И. Брежнева, а Председателем Совета Министров СССР А. Н. Косыгина.
На пленуме, который открылся во второй половине дня, доклад о деятельности Хрущёва делал М. А. Суслов. Он обвинял уже бывшего главу государства в том, что тот злоупотреблял властью, привлекал в политику членов семьи и прислушивался к их мнению. Суслов имел в виду в первую очередь зятя Хрущёва Алексея Аджубея – талантливого журналиста, главного редактора «Известий», который стал членом ЦК на XX съезде партии. Другие родственники Никиты Сергеевича политической карьеры не делали.
Также было сказано, что в прессе фотографии Хрущёва печатались больше, чем портреты Сталина. Суслов заявил, что Хрущёв запутал управление промышленностью, приняв решения о создании совнархозов и разделении партийного руководства на промышленное и сельскохозяйственное. Он критиковал Никиту Сергеевича за ряд ошибок в сельском хозяйстве и политике ценообразования. Тем не менее, и Президиум, и ЦК, и сам Суслов еще недавно голосовали за принятие этих решений.
В конце доклада Суслов назвал смещение Хрущёва «проявлением смелости и силы».