Как первый заместитель наркома Байбаков был назначен уполномоченным ГКО по перебазированию большого количества нефтяников и техники кавказских районов на Восток. Знаменитые бакинские мастера бурения, опытные инженеры и техники, мастера по добыче нефти и ремонту скважин — все они были мобилизованы. Люди, непривычные к северному климату, снимались с родных мест, не имея порой зимней одежды. На дорогах они мерзли, болели и иногда умирали. В течение трех месяцев почти десять тысяч бакинских нефтяников, большинство с семьями, организованно выехали в восточные районы страны. Нефтяники Ишимбаевского (Башкирия) промысла зимой 1943-го писали в Кремль Сталину: «Мы знаем, что значит нефть на войне. Пусть мы далеки от боев, но мы тоже армия и дадим стране нефти, сколько потребуется для победы. Каждая тонна нефти — это наш залп по Гитлеру!»
Одновременно с эвакуацией нефтяников из Баку «эвакуировали» и нефтепродукты. О ходе этой операции Байбаков докладывал руководству страны.
В конце 1942 года, впервые с начала войны, большая группа нефтяников была награждена орденами и медалями. Байбаков получил орден Ленина.
Нефтедобыча будет прирастать Сибирью
Несмотря на войну, поглощавшую все ресурсы экономики, Сталин требовал, чтобы поиски нефтеносных территорий продолжались. Была поставлена задача: вести разведочные работы в Сибири. Пусть в небольшом объеме, но вести. Байбаков издал приказ: