Видимо, под влиянием трагических событий Второй мировой войны, в работах Бердяева начиная с книги «Опыт эсхатологической метафизики» (1941) появились эсхатологические мотивы, зазвучали предчувствия конца мировой истории и человека. Во время войны тема конца мира не оставляет мыслителя, он пишет «Экзистенциальную диалектику божественного и человеческого» (1943–1945), «Истина и откровение» (1945), посвященную основным проблемам христианства, и свою философскую автобиографию «Самопознание» – свое самое известное произведение, которое было издано лишь после смерти философа.
Обстановка в Париже оставалась тяжелой. Продолжались аресты и депортации в Германию, в концлагеря. Однажды к Николаю Александровичу пришли гестаповцы, расспрашивали его о роде занятий. Своих убеждений философ никогда не скрывал, он открыто осуждал русских, сотрудничавших с оккупантами, передавал в тюрьмы пакеты с едой. Когда же в одной швейцарской газете промелькнуло сообщение о том, что Бердяев арестован, из Берлина был сделан запрос по этому делу и через несколько дней к нему снова явились двое гестаповцев выяснить, чем вызван этот слух. По их словам, сообщение в газете вызвало настоящий переполох. Оказалось, что у Бердяева были покровители в высшем эшелоне национал-социалистов, – кто-то из почитателей его философии в Берлине не допускал его ареста.
В годы войны Бердяев редко бывал в Париже – никаких публичных лекций и докладов, если это хоть как-то отдаленно имело отношение к властям или немцам, быть просто не могло. Но работал он много, по воскресеньям в его доме собирались патриотически настроенные русские, самые главные и важные доклады читались именно там.
Во время трагических событий в Европе, когда бомбардировки, убийства, аресты, концентрационные лагеря стали обыденностью, Николай Александрович, размышляя о зле, страданиях, аде, вечности, переживал состояние «богооставленности», его все больше беспокоит предчувствие близкой смерти. Осенью 1942 года у него обострились боли в брюшной полости. Амбулатории в то время были редкостью, но философа госпитализировали, сделали операцию. Первые дни после операции он просил не закрывать дверь в палату – боялся оставаться один. Николай Александрович пролежал в клинике шесть недель. Почувствовав себя немного лучше, он попросил принести ему «Былое и думы» Герцена. Болезнь отпускала, но предчувствие близкой смерти не проходило, и никак не отражаясь на нем внешне, внутренне вынуждало его торопиться закончить начатые книги, систематизировать написанное.
В августе 1944 года германский гарнизон Парижа капитулировал. Это был еще не конец войны, но ее исход уже был ясен. Бердяев возвращался к общественной жизни. Первые дни освобождения Парижа оставили у философа тяжелые воспоминания – начались аресты и расправы над французами и эмигрантами, сотрудничавшими с немцами. Случалось, под арест попадали и ни в чем не повинные люди.
В феврале 1944 года умер П. Струве, а вскоре скончался и С. Булгаков. Тяжело заболела жена Бердяева, Лидия, прогрессирующий паралич горла доставлял ей большие страдания – дистрофия мускулов горла вела к затруднению речи, с каждым днем ей было все труднее глотать пищу. В конце сентября 1945 года Лидия Юдифовна скончалась. Незадолго до этого Николай Александрович сказал ей, что она была огромной духовной поддержкой в его жизни. В ответ Лидия написала ему – говорить уже не могла, – что останется для него такой поддержкой навсегда. Почти до самой смерти Лидия Юдифовна писала стихи. Она не была честолюбива, но Николай Александрович хотел издать стихи жены. После кончины Лидии он почувствовал, что смерть стала менее страшной, в ней уже было что-то родное.
В ноябре 1944 года Николай Бердяев выступил от Союза писателей с публичным докладом на тему «Русская и германская идея». Чтение происходило в помещении Союза русских патриотов и имело большой успех. В журнале «Русский патриот» Бердяев напечатал статью «Трансформация национализма и интернационализма», которая в очередной раз вызвала раздражение в некоторых кругах русской эмиграции.
В 1946 году на русском языке в издательстве «YMCA-press» вышла книга Николая Бердяева «Русская идея». Книга была встречена с огромным интересом. Ее прочли и друзья, и враги Бердяева, находя в ней ошибки, неточности и некоторые наивные рассуждения в области истории России; им восхищались и одновременно критиковали.