Почти с самого основания своего обитель эта владеет и явленным чудотворным образом Святителя Николая. По преданию, образ явился тому же Антонию скоро после поселения старца в пустынном уединении, когда, привлекаемые славой о его житии, к нему только что начали стекаться отшельники и им только что строилась первая церковь. «Однажды, – говорит предание, – Антоний увидел из оконца своей кельи невдалеке необыкновенный свет. Объятый трепетом и радостью он вышел узнать, что означало это дивное явление, и узрел на дереве икону Святителя Николая Чудотворца. Воздав хвалу Богу и Его Угоднику, он внес святую икону в свою часовню, а по устроении деревянной церкви посвятил ее имени сего Святителя». Теперь эта икона (имеющая 6 вершков длины и 5 ширины), украшенная серебряной чеканной вызолоченной ризой с цветными камнями в венце, вставлена в одну доску с иконой Божией Матери Владимирской, по преданию, также явленной преподобному Антонию, и помещается в общем с нею киоте в главном Николаевском соборном храме обители за левым столбом.
Не можем при этом обойти молчанием следующее чудо из тех же времен татарского ига, бывшее еще раньше в обители преподобного Варлаама Хутынского (1192 г.). Молодой постельничий Новгородского Константина Дмитриевича сделался тяжко болен и пожелал побывать в Хутынском монастыре. Явившийся во сне преподобный Варлаам обещал исцелить его, но, когда больного везли в монастырь, он умер. У ворот обители умерший очнулся, а при мощах преподобного совсем выздоровел. На вопрос, что было с ним, он отвечал: «Я видел около себя множество бесов, и один из них держал свиток, где записаны были грехи мои. Явившийся св. Николай сказал: «Немногие добрые дела его более значат, чем грехи его, открытые притом духовному врачу». Бесы скрылись. Явились ангелы, и великий из них с лаской повел меня в какое-то светлое место, где много прекрасных дерев и цветов. Вот вижу преподобного Варлаама с посохом в руке, как написан он на иконе. «Григорий! – подойдя, сказал он. – Я не успел придти при исходе твоем: теперь ты хочешь ли остаться здесь?» – «Хочу здесь пребывать», – ответил я. Св. Варлаам сказал: «Хорошо было бы остаться тебе здесь; но будут скорбеть родители твои; иди, утешь отца и мать. Я – твой помощник». Взяв за руки, повел он меня, а впереди шел тот ангел в диаконском одеянии. Пройдя мимо цветущих дерев, ангел скрылся; и св. Варлаам, оградив меня крестным знамением и иконой св. Николая, сказал: «Григорий! Ты молился великому Чудотворцу Николаю и меня призывал на помощь; молись ему и впредь, а я – твой помощник». Отойдя немного, оглянулся и сказал: «Спустя семь лет, ты будешь у меня», и стал невидим».
Еще в конце того же века другой угодник Божий, преподобный Иона Климецкий (ум. 1534 г.), удостоился нового чуда помощи Святителя ему во время опасности. Когда Иона, еще не будучи иноком, возвращался однажды в 1490 году из Новгорода с грузом соли, среди Онежского озера его внезапно застала страшная буря. Можно было совсем отчаяться в своем спасении, но благочестивый муж в такой опасности обратился с горячей и полной веры молитвой к св. Николаю, и помощью его действительно благополучно вышел из беды. Признательный архипастырю Мирликийскому преподобный после того считал его своим особенным заступником. В выстроенной затем им на одном из островов Онежского озера обители один из двух первых храмов ее преподобный посвятил имени Святителя Христова (другой храм в честь Святой Троицы).
Переходим далее к XVI веку и здесь находим немало подобных же примеров. Вскоре после кончины преподобного Тихона (f 1503 г.) в основанной им Луховской обители ученики его построили церковь в честь святителя Николая, – с того времени обитель и называется Николаевской. До нашего времени свидетельством этой древней любви иноков к Святителю служит придел имени Святителя в Крестовоздвиженском храме обители и чудотворный образ Угодника, хранящийся здесь. Какова история славы образа, мы не знаем, к сожалению. Может быть, и он идет от времен преподобного и вместе с мощами подвижника составляет драгоценнейшее наследие, оставленное обители преподобным.