План, разработанный А. В. Щусевым по просьбе Бар-градского комитета, был одобрен, хотя сумма сметы на строительство храма оказалась огромна — 414 680 рублей. В день памяти перенесения мощей святого Николая Чудотворца в город Бари — 9 мая 1913 года — была произведена торжественная закладка первого камня для подворья. По окончании богослужения, как рассказал автор книги «Закладка русского храма во имя Святителя Николая Чудотворца в городе Бари» В. Д. Юшманов (вышла в 1913 году), зачитали телеграмму от великой княгини Елизаветы Федоровны: «Соединяюсь в молитвах с вами в этот торжественный день основания нашего храма и дома для паломников. Помоги вам Бог. Нахожусь на богомолье. Теперь еду на торжество канонизации Святого Ермогена. Елисавета».
Год 1914-й ознаменован был многими событиями, связанными с русским подворьем в Бари. В марте здание обрело крышу. Уже могли ночевать некоторые паломники. Жарким июлем Бари посетил для ознакомления на месте с ходом строительства и нуждами паломников сын великого князя Константина Константиновича («К. Р.») князь Олег Константинович. Он осмотрел постройки, участвовал в заседаниях строительной комиссии, предложил ряд усовершенствований для подворья. В том же 1914 году он погибнет на фронте Первой мировой войны…
Война началась 28 июля. Город Бари неожиданно стал наполняться группами русских паломников и путешественников, которые не имели теперь возможности вернуться домой с помощью обычного железнодорожного транспорта. Через Европу из-за войны проехать было невозможно. И они ждали отправки в Россию морем.
При этом строительные работы все еще продолжались. Завершены в целом они были уже в январе 1915 года. Но война внесла свои коррективы. В мае 1915 года Италия стала союзницей Антанты. Барградский комитет вынужден был временно передать русское подворье итальянскому национальному обществу Красного Креста. Тогда считалось, что для «укрепления уз дружбы с благородной Италией».
Контакты с Бари стали усложняться. Передвигаться из России в Италию было весьма непросто. Так, даже художнику К. С. Петрову-Водкину не удалось попасть в Бари. А он предполагал начать работу по росписи нового храма в стиле иконописца Дионисия, украсившего своими фресками знаменитый Ферапонтовский монастырь. Не доехали до Барийского подворья и приготовленные к отправке для украшения храма старинные иконы и церковная утварь. Они так и остались в России, а в советское время просто пропали.
Год 1917-й еще больше все изменил. Барградское подворье уже не интересовало большевиков. Однако 25 июля 1921 года епископ Георгий (Ярошевский) от Русской Православной Церкви заграницей успел освятить нижнюю церковь во имя святителя Спиридона Тримифунтского.
В 1930-е годы подворье было продано муниципалитету города Бари. Церковь и православный священник содержались на городские средства до конца 1990-х годов. Тогда же территорию русского подворья власти разделили высокой стеной на две части, предоставив одну в пользование православной общине, а другую, включающую сад и странноприимницу, передав городским организациям.
Удивителен факт, что после организации подворья, его строительства, финансирования и управления его хозяйством еще со времен Российской империи долгое время «руководила» им простая русская крестьянка из-под Тулы. В течение многих десятилетий единственной ответственной перед городским муниципалитетом за храм оставалась Матрена Зайцева. Она в 1912 году приехала в Бари как просвирница и осталась тут до конца своих дней, приняв позднее монашеский постриг с именем Николая. Матрена-Николая следила за порядком в церкви и помогала паломникам. Скончалась монахиня в 1978 году после упразднения церковного прихода, отдав служению при подворье 66 лет своей жизни. Погребена на городском кладбище в Бари.
Главную же, верхнюю церковь во имя святителя Николая Чудотворца освятили только 21 мая 1955 года. Затем жизнь подворья медленно угасала. Расписать сам храм так и не смогли. Лишь только в 1967 году на стене храма, обращенной в сторону улицы, выложили мозаичную икону святого Николая. В 1977 году упразднили церковный приход. Храм к тому времени числился при Синоде Русской Православной Церкви заграницей.
Однако уже в наше время все стало возвращаться на свои места. Так, 14 марта 2007 года во время визита Президента Российской Федерации В. В. Путина в Бари прошли переговоры о передаче храма Русской Православной Церкви. Официальная церемония передачи церкви состоялась 1 марта 2009 года. На ней присутствовали Президент Италии Джорджо Наполитано и тогдашний Президент России Д. А. Медведев. Паломники сегодня могут беспрепятственно посещать «свой» русский храм, где покоятся мощи святого Николая.