Вдобавок эдикт указывал тотально уничтожать по всей Римской империи любые священные книги (Священное Писание христиан — в первую очередь), а также богослужебные рукописи. Как писал в «Истории христианской церкви» историк XIX века Евграф Иванович Смирнов, христиане «показали себя достойными последователями Христа. Несмотря на все запрещения, они составляли богослужебные собрания, если не в храмах, которые разрушились, то в подземельях (катакомбах); книги Священного Писания скрывались в потайных местах, и если невозможно было скрывать, то отдавали их вместе со своей жизнью. Некоторые, впрочем, из христиан, из страха перед пытками, выдавали книги Священного Писания, и таких Церковь отлучала как предателей».
По эдикту запрещались молитвенные собрания. Отменялось право христиан на судебную защиту и даже на подачу жалоб в суды. Крупные сановники при дворе или в войске, если они исповедовали христианство, лишались своих званий или рангов. Свободные вольноотпущенники по этой же причине вновь становились рабами. Ритор Лактанций в книге «О смертях гонителей» упомянул некоего Евентия (Эвтий, Эвтиус), порвавшего бумагу с текстом эдикта, после чего бедняга после пыток и истязаний был немедленно сожжен заживо, став первым мучеником эдикта. Автор книги предположил, что все происходящее в столице Никомидии является чуть ли не концом света. Для христиан наступили действительно трудные времена.
Чуть позднее, с помощью других эдиктов, руководство страны устроило настоящую войну против христианских священников и в еще большей степени обязало всех без исключения граждан империи совершать языческие жертвоприношения и иные нехристианские культовые обряды. Участвовать в таких обрядах обязаны были теперь именно все. Так можно было бы, во-первых, увидеть — кто есть кто, а во-вторых, заставить христиан предать свою веру под страхом казни. Наиболее сурово эти эдикты исполнялись на Востоке империи, то есть там, где жил святитель Николай.
Итак, летом 303 года был обнародован второй эдикт. Наносился удар по епископам и священникам. И это уже было прямой угрозой для жизни святителя Николая. Теперь, по эдикту, стало необходимым арестовывать христианских пастырей, и как можно скорее.
Можно предположить, что известное сообщение из житий о том, что какие-то годы святитель провел в тюрьме, относится как раз к этому времени. То есть, скорее всего, епископ Мир Ликийских был задержан и брошен в темницу в 303 году. Он мог провести в застенках почти десять лет — до Миланского эдикта 313 года, когда стали отпускать оставшихся в живых христиан. Если только ему не довелось получить освобождение во время одного из «потеплений» в репрессиях между 303 и 313 годами (например, в 311 году). Святитель Андрей Критский упоминает имена сподвижников святителя Николая как в церковных делах, так и по тюремному заключению. Это Крискент, Диоскорид и Никокль. Они, как утверждает Андрей Критский, «воодушевлением и ревностью святителя Николая соплели себе мученический венец».
Читаем в Житии святителя Николая у Дмитрия Ростовского: «Посему он был схвачен нечестивыми мучителями и заключен вместе со многими христианами в темницу. Здесь он пробыл немалое время, перенося тяжкие страдания, претерпевая голод и жажду и тесноту темничную. Своих соузников он питал словом Божиим и напоял сладкими водами благочестия; утверждая в них веру во Христа Бога, укрепляя их на нерушимом основании, он убеждал быть твердыми в исповедании Христа и усердно страдать за истину».
Промыслительное значение того, что святитель Николай попал в тюрьму, а именно это спасло его от неминуемой казни, замечено и проходит лейтмотивом по многим его жизнеописаниям. Вот что пишут авторы XIX столетия А. Вознесенский и Ф. Гусев: «Это гонение пронеслось смертоносной бурей по многим областям и дошло до Мирликийской Церкви, предстоятелем которой в то время был святитель Николай. В трудное для Церкви Христовой время гонения архипастырь Ликийской Церкви с неустрашимостью поддерживал в вере свою паству, громко и открыто проповедуя имя Божие. За это он подвергся преследованию и вместе со многими другими христианами был заключен в темницу. Здесь он провел немало времени, терпеливо перенося голод, жажду и тесноту, не допуская даже мысли об отречении от Иисуса Христа! В темничном заключении святитель не переставал заботиться о заключенных вместе с ним христианах. Голодных он питал здесь словом Божиим, жаждущих поил водами благочестия. Таким образом он возвращал в них веру в Христа Бога и утверждал их в крепком исповедании Его перед мучителями, чтобы они могли пострадать за Христа до конца. Благодаря его руководству многие из заключенных пребыли твердыми в Христовой вере до конца… Сам же святитель Христов, «мученик готовностью своей», был сохранен во время Диоклетианова гонения, потому что его жизнь еще нужна была для дальнейшего прославления имени Божия».