Возвратившись в Москву, Милеску Спафарий представил русскому правительству дорожный дневник следования по Сибири, статейный список (отчет посла) и особую книгу, посвященную описанию Китая, а также чертеж (карту).
На обратном пути из Пекина в Москву Милеску Спафарию уже в дороге пришлось испытать изменение обстановки в правящих кругах России. В 1676 г. умер царь Алексей Михайлович и воцарился его сын Федор Алексеевич. Покровитель Милеску Спафария начальник Посольского приказа боярин А. С. Матвеев был сослан в Пустозерск. В связи с этими событиями изменилось отношение и к посольству. В Енисейске участников посольства подвергли грубому обыску и задержали (26, 8). Непосредственно после возвращения посольства из Китая было начато следствие, поводом для которого послужил донос переводчика С. Безобразова, поданный им летом 1677 г. в Енисейскую приказную избу [9]. Участник посольства С. Безобразов обвинил Милеску Спафария в различных злоупотреблениях и упущениях. Произведенное расследование установило необоснованность выдвинутых против него обвинений. В посольской части нарекания были вызваны тщательным выполнением послом всех пунктов наказной памяти, данной из Посольского приказа Н. Милеску Спафарию и остававшейся секретной для остальных членов посольства (например, отказ отдать царскую грамоту маньчжурским чиновникам). В Сибирском приказе Милеску Спафарию учинили строгие и длительные «распросы». Реакционные духовенство и боярство обвинили Милеску Спафария и его покровителя боярина А. С. Матвеева в «чернокнижии». По возвращении из Китая Милеску Спафарий был отстранен от должности переводчика Посольского приказа. Только к 1683 г. ему удалось полностью оправдаться, но уже в сентябре 1679 г. он был зачислен на прежнюю должность переводчика Посольского приказа (см. 87, 564–565).
О последних годах жизни и деятельности Милеску Спафария сохранилось сравнительно мало сведений. Известно, что при Петре I он продолжал работать в области просвещения, поддерживал связи с общественно-политическими деятелями Молдавии, а также со многими общественно-политическими деятелями и учеными Запада и Востока, принимал активное участие в сношениях русского правительства с иностранными государствами. Эти сведения подтверждаются рядом документов. Известно, что в 1679 г. Милеску Спафарию было поручено подготовить дипломатические документы для русского посольства, направляемого к императору Австрии Леопольду (см. 81, 5, 729). В 1684 г. Милеску Спафарий участвует в переговорах русского правительства со шведским посольством в Москве. В этом же году он переводит на русский язык секретные документы дипломатического посольства Леопольда I, направленного императором в Россию.
В летописи Некулче есть указание о том, что Милеску Спафарий был одним из учителей царевича Петра, а также советником царя Алексея Михайловича, а впоследствии Петра I по восточным вопросам (см. 110, 75–77). Его рекомендовали деканом Славяно-греко-латинской академии в Москве.
В 1694 г. Милеску Спафарий был назначен постоянным русским послом («резидентом») в Польшу, но в связи с изменением политической обстановки в Варшаву не выехал. В 1695 г. он участвует в качестве переводчика и советника Петра I в походе на Азов (см. 43, 141–143). Об огромном доверии Петра I к Милеску Спафарию говорит и то, что он принимал участие в составлении секретных писем царя польскому королю Собесскому (1695), императору Леопольду I (1696) и дожу Венеции (1699) (см. 81, 7, 1358). Следует отметить, что эти документы имели большое политическое значение, так как были связаны с переговорами о создании Лиги христианских государств против Османской империи.
В 1691 г. иерусалимский патриарх Досифей написал письмо Петру I, в котором давал анализ политической обстановки на Балканах и обращался с просьбой к русскому царю об оказании помощи угнетенным османскими захватчиками народам в их освободительной борьбе. Досифей просил Петра I хранить это письмо в строгом секрете и ознакомить с его содержанием лишь Милеску Спафария (см. 92, 1143–1145).
О большой и многосторонней деятельности Милеску Спафария свидетельствует также его связь с общественно-политическими деятелями Армении, находившейся тогда под игом феодальной Персии. Документы подтверждают, что в 1701–1708 гг. он принимал участие в сношениях русского правительства с армянскими политическими и общественными деятелями с целью оказания Россией помощи в освобождении армянского народа от иноземного ига (см. 32, 57–59).
Приведенные факты являются ярким доказательством того, что Милеску Спафарий был в курсе всей восточной политики Русского государства и являлся одним из советников Петра I по восточным вопросам. Он был сторонником реформ Петра I, направленных на развитие экономики и культуры и укрепление государства. Петр I высоко ценил деятельность Милеску Спафария, о чем говорит и награждение его в 1683 г. (см. 87, 521–522).