Выйдя из помещения телеграфа, Яковлев принимает необычное решение. Поняв из телеграфных разговоров с Кремлем и бесед в Тюмени, что Екатеринбург состав его в Москву не пропустит, он решает ехать на восток, а не на запад. Таким образом можно добраться до Омска, а оттуда - на южную ветку Великого Сибирского пути и по нему, через Челябинск, Уфу и Самару, попасть в Москву. Вернувшись в вагон, комиссар сообщает узникам о своих намерениях. В пять утра, с потушенными огнями, состав уходит из Тюмени в сторону Омска. Но Яковлев забывает упомянуть, что за Омском лежат тысячи верст свободного пути к Тихому океану.
Едва состав покинул Тюмень, Екатеринбургский совдеп узнал, что поезд ушел по направлению к Омску. Состоялось срочное заседание президиума исполкома. Президиум Уральского совета под председательством Белобородова (Вайсбарта) объявил Яковлева "изменником делу революции" и поставил его вне закона. По проводам ушел призыв под грифом "всем, всем, всем" к местным органам власти и партийным организациям. Откликнувшись на призыв Уральского совдепа, Западносибирский совдеп принимает меры к тому, чтобы остановить состав Яковлева, не получив иных указаний из Москвы. На узловую станцию Куломзино, находящуюся в ста верстах от Омска, посылается конный отряд. Там Яковлеву сообщают, что он объявлен изменником. Отцепив паровоз с одним вагоном, Яковлев оставляет поезд с царем и императрицей под охраной отряда и едет в Омск. Переговоры с Западносибирским советом оказались безрезультатными, и Яковлев по прямому проводу ведет переговоры со Свердловым, объясняя ему, почему он изменил маршрут. Свердлов ответил, что придется подчиниться обстоятельствам и ехать в Екатеринбург, чтобы сдать узников Уральскому совету. Расстроенный Яковлев вернулся к поезду и сообщил царю и императрице: "Мне приказано отвезти вас в Екатеринбург". Николай Александрович ответил: "Я бы поехал куда угодно, только не на Урал. Судя по местным газетам, уральские рабочие настроены резко против меня".
Как отнестись к этой запутанной истории, в которой много противоречивых намерений, зловещих интриг, то и дело меняющихся решений? Позднее, когда В.В.Яковлев перешел на сторону войск Колчака [(По словам Н. А.Соколова, осенью 1918 года Яковлев обратился к чешскому генералу Шениху (чехи были настроены антимонархически)] с просьбой принять его в ряды белых войск. Как писал Р.Вильтон в книге "Последние дни Романовых", "судебный следователь Соколов, узнав о его, Яковлева, присутствии и боясь упустить случай, сейчас же послал одного доверенного офицера (Б.В.Молостова) розыскать его. Но оказалось, что Омский штаб перевел его уже в состав вооруженных сил Юга России. Это было делом рук неприятельского агента, австрийского офицера (полковника Зайчека), состоявшего в армии на службе разведки. Затем всякий след Яковлева теряется".), большевики заявили, будто Яковлев действовал, как заговорщик монархист. После того, как ему не удалось пробиться через Омск к Тихому океану, он, дескать, повернул назад, рассчитывая остановить поезд и увезти узников в горы. Убедительных доказательств этой теории не существует, и хотя Яковлев и сочувствовал царственным пленникам, вероятнее всего, он был тем, за кого себя выдавал - представителем московских властей, пытавшимся выполнить приказ кремлевского начальства доставить императора и его семью в столицу. Когда же прямой путь в Москву оказался блокированным и возникла опасность захвата его подопечных, московский уполномоченный попытался пробиться в столицу окружным путем, через Омск. Но он очутился в гуще свары между находящимся где-то вдалеке ВЦИКом и местным, Уральским, совдепом и в конце концов, при попущении Свердлова, уступил силе.
Но если мотивы и намерения Яковлева нам более-менее понятны, то планы остальных сторон, участвовавших в этих событиях, неясны и зловещи. Вдобавок к тем двум образам Яковлева, которые нам предложены - как преданного монарху рыцаря, пытавшегося спасти императорскую чету, и как московского ставленника, покорившегося превосходящим силам, можно допустить, что Яковлев играл еще одну роль. Вполне вероятно, что он оказался пешкой в подлой игре, затеянной Уральским советом в Екатеринбурге, большевистскими правителями в Москве и правительством кайзера Вильгельма II в Берлине.