Преподавание в нем имело средневековый характер: богословие и каноническое право, как главные предметы; «семь свободных искусств»:
Новое направление охватило и Краковский университет. В середине XIV века итальянский ученый и вольнодумец Филипп Буонакорси, раздразнив духовенство и возбудив гнев самого папы, бежал в Краков, ко двору Казимира IV. Тут он читал лекции, переводил и комментировал Вергилия, Цицерона и других латинских авторов.
Еще большей известностью пользовался Конрад Цельтес, тоже гуманист, свободный мыслитель и поклонник классической древности, в течение нескольких лет читавший лекции в Краковском университете.
Коперник поступил на факультет свободных искусств и в течение трех семестров (1491—1494) изучал математику, астрономию, астрологию, физику, теорию музыки, поэтику, риторику и классиков – Аристотеля, Сенеку, Цицерона и других. Краковский университет, хотя и считался лучшим по эту сторону Альп, оставался далеко не идеальным. Так, например, Аристотеля читали в латинском переводе; греческого языка не преподавали за неимением специалиста. Зато можно было основательно изучить латинских классиков, толково преподавались математика и астрономия, а при тогдашнем убожестве и то был хлеб! Большинство университетов пребывали в гораздо худшем состоянии, о котором может дать понятие жалоба Конрада Цельтеса, относящаяся к Кёльнскому университету: «Никто здесь не преподает латинской грамматики и не объясняет древних авторов; математика совершенно неизвестна, никто не исследует движения звезд». А этими предметами, в сущности, исчерпывалась наука XV века; остальные представляли жалкий суррогат знания, скопище призраков и фикций, осужденных на гибель при столкновении с положительной наукой.
Студенты должны были жить в общежитиях или бурсах и подчиняться строгому уставу, который, впрочем, строго не соблюдался. «Вольный дух», занесенный в Краков Цельтесом и Буонакорси, породил в университете борьбу партий: староверы ополчились на еретиков; схоластики доказывали, что изучение древних авторов поведет к восстановлению язычества, что нельзя служить разом Христу и Юпитеру. В этих распрях приняли участие и студенты, причем венгры стояли за схоластиков; «мазовиты» (поляки) и немцы – за гуманистов. Вражда доходила до рукопашного боя: схоластика и гуманизм сходились на Братской улице и разбивали друг другу носы. Мы не знаем, принимал ли Коперник участие в этих битвах; если принимал, то, без сомнения, на стороне гуманистов, так как был поклонником древних авторов.
Как видит читатель, среда, в которой ему приходилось жить, не отличалась деликатностью нравов; но, во всяком случае, это была живая, одушевленная, полная брожения среда, будившая мысль и благотворно влиявшая на скептический, пытливый ум юноши.
Уже здесь он пристрастился к астрономии, которую изучал под руководством профессора Брудзевского. Альберт Брудзевский считался крупнейшей звездой Краковского университета. Его сочинение