Влияние новых сотрудников на редакционную политику «Современника» становится решающим в конце 1857-го — начале 1858 года. По предложению Чернышевского структура журнала была радикально изменена: вместо прежних пяти отделов («Словесность», «Науки и художества», «Критика», «Библиография» и «Смесь») теперь были два: «1. Словесность, науки и художества» и «2. Критика и библиография» (и в качестве непронумерованного дополнения — «Смесь»; с сентября в предвкушении разрешения печатать политические известия ее заменили на «Современные заметки», значительно увеличенные в размере). Такая рубрикация, в которой объединялись сочинения художественные, публицистические и научные, отражала тогдашнее представление о литературе как общественном явлении, о задачах литературы по отражению общественной проблематики. Кроме того, в июне 1858 года появляется постоянное приложение «Устройство быта помещичьих крестьян», в котором печатаются максимально «цензурные» материалы по наиболее животрепещущему вопросу русской жизни. В начале 1859 года, когда становится, наконец, возможным публиковать политические новости, в «Современнике» остаются два отдела: «1. Словесность, науки и художества» и «2. Современное обозрение». С самого начала 1858 года исчезает отдел «Моды», который заполняли супруги Панаевы. В 1859 году появляется «Свисток» — придуманное Добролюбовым сатирическое приложение, в котором участвует и Некрасов.
Всё это — проявление установки на «серьезность» (едва ли не единственная более или менее легкомысленная рубрика осталась в ведении И. И. Панаева, который писал о петербургских событиях и развлечениях) и одновременно следствие изменения самого понятия литературы: на место литературы как изящной словесности приходило существенно более широкое понятие, включавшее в себя не только беллетристику, но и критику и ученые сочинения. Чтобы быть литератором, теперь не обязательно было писать стихи или художественную прозу; критик и публицист, пишущий статьи по вопросам общественной важности, становится не менее, а может быть и более значимой фигурой, чем романист или поэт. Поэтому меняется и место Чернышевского и Добролюбова — и не только в журнале, но и в литературе.
На протяжении 1857–1859 годов за литературной критикой в «Современнике» наблюдает Добролюбов, Чернышевский выступает с публикациями по крестьянскому вопросу, печатает статьи политэкономического, исторического, публицистического содержания, то есть перемещается в первый отдел, фактически становится не просто ведущим критиком, но ведущим литератором. В свою очередь, статус Добролюбова уже не сильно уступает статусу, например, Тургенева.
Это меняет отношение Некрасова к Тургеневу и другим литераторам. Если раньше ему казалось, что для журнала прежде всего необходимы качественная беллетристика и громкие имена писателей, то теперь становится более важным направление «Современника». Соответственно у Некрасова исчезает страх возможной потери какой-либо писательской знаменитости, он смиряется с тем, что нужно «отпустить на волю» своих «литературных приятелей». В феврале 1858 года Некрасов сам разослал подписантам «обязательного соглашения» письмо с предложением расторгнуть его, которое было с готовностью принято ими. Это не означало, что они совершенно порывали с «Современником» и самим Некрасовым. И Островский, и Толстой, и Тургенев, и Григорович продолжали периодически печататься в журнале, но рассматривать их как исключительно «своих» авторов его редактор больше не мог. Никто из них не хотел прямо ассоциироваться с журналом, воспринимавшимся как орган, возглавляемый Чернышевским и Добролюбовым, хотя и не видел причин вовсе не печататься в нем.
Конечно, тем самым беллетристический отдел «Современника» был ослаблен. В 1858 и 1859 годах в нем были напечатаны только два произведения Тургенева (соответственно «Ася» и «Дворянское гнездо»), одна пьеса Островского («Не сошлись характерами!»); Толстой опубликовал одну, едва ли не самую неудачную свою повесть «Альберт»; ничего не дал обычно плодовитый Григорович. Беллетристику в «Современник» поставляли преимущественно второ- и третьеразрядные авторы вроде Евгения Карновича, Ильи Селиванова или Павла Мельникова-Печерского. Не удалось сотрудничество в 1859 году с Достоевским, вернувшимся из ссылки и готовым предложить журналу свои новые произведения. Встреча старых знакомых, по воспоминаниям Достоевского, была очень теплой: страдания, перенесенные когда-то открытым им писателем, вызывали сочувствие Некрасова, который в 1848 году сумел избежать серьезных неприятностей. Переговоры, однако, закончились безрезультатно, и повесть «Село Степанчиково и его обитатели» в «Современник» не попала.