Неприятности последних лет подорвали окончательно и без того расстроенное здоровье Новикова и вынудили его с конца 1788 года поселиться в Авдотьине, откуда он мог изредка приезжать в Москву по делам издательства.
Плохо жилось Новикову и его друзьям в эти последние годы их деятельности. Не говоря уже о том, что издательские дела их шли все хуже и хуже, они жили под гнетом недружелюбного отношения к ним правительства и под вечным опасением навлечь на себя какие-нибудь новые неудовольствия. К довершению всех бед, в 1789 году во Франции разыгралась революция. Императрица, давно уже отказавшаяся от своих первоначально либеральных стремлений, теперь, под влиянием ужасов революции, решила стереть с лица земли все, что носило у нас хоть тень какой-нибудь независимости. То, что считалось законным и возможным десять, даже пять лет тому назад, сделалось теперь не только невозможным, но и подвергалось гонению. Просвещенные вельможи, сподвижники первых годов царствования Екатерины, сошли со сцены; их заменили другие… Злонамеренные люди, пользуясь случаем проявить свое усердие, стали изощряться в доносах. Мартинистов стали обвинять в революционных намерениях, особенно после того, как оказалось, что многие видные деятели французской революции вышли из тамошних масонских лож. Над мартинистами, очевидно, собиралась гроза. На их несчастие Еропкин, относившийся к ним без всякой неприязни, был в 1790 году уволен по прошению в отставку. На его место назначен был генерал-аншеф князь Прозоровский, человек невежественный, ограниченный и надменный. Очевидно, он был послан Екатериной в Москву специально для того, чтобы ее подтянуть и не дать развиться в ней элементам, которых правительство при данных политических обстоятельствах очень опасалось. Князь Прозоровский оправдал вполне возлагавшиеся на него надежды. По приезде в Москву он окружил мартинистов шпионами, которые доносили ему о каждом их шаге. Письма их вскрывались на почте и все казавшиеся почему-либо подозрительными задерживались. Тут следует отметить одно обстоятельство, касающееся Новикова. Мы уже знаем, что барон Шредер, ненавидевший его и желавший ему отомстить, уехал в 1787 году за границу. Живя в Германии, Шредер, тем не менее, следил за тем, что происходило в России. Зная о гонениях, обрушенных на мартинистов, он нашел это время самым удобным для отмщения Новикову. С этой целью он стал писать ему из-за границы о каких-то таинственных делах, будто бы известных Новикову. Письма эти, конечно, не доходили по адресу. Они задерживались на почте, возбуждая против Новикова сильные подозрения, и впоследствии были поставлены ему в вину.