Не успел еще Новиков оправиться и отдохнуть от дороги, как в Авдотьино прискакал фельдъегерь с приказанием везти его в Петербург и представить государю. 5 декабря Новиков прямо с дороги, в дорожном платье и с отросшей бородой, был доставлен в кабинет к государю. Павел встретил его очень милостиво и с ласковым упреком сказал: “Как же я тебя освободил, а ты не хотел меня поблагодарить?” Новиков извинился, говоря, что шлиссельбургский комендант посоветовал ему ехать прямо домой. Государь предложил Новикову вознаграждение за понесенные им гонения и убытки, но тот отказался от денежной помощи и просил его лишь об освобождении всех заключенных по его делу (до 8 человек) и о содействии скорейшей продаже своего имущества для уплаты долгов или о передаче его главному кредитору – Походяшину. Дело в том, что по приказанию покойной императрицы после ареста Новикова над имуществом его назначена была опека, которая должна была это имущество продать с аукциона и покрыть его долги; но дело затянулось, шла переписка и обычная волокита, и продажа не состоялась до самого освобождения Новикова. Государь обещал сделать все, что будет от него зависеть, для скорейшей ликвидации его дел; вообще, очень обласкал его и беседовал с ним около часа. Заключенные по новиковскому делу были немедленно же освобождены, и Павел действительно первое время помнил о Новикове (даже спросил о его здоровье во время коронации у брата его Алексея Ивановича при представлении последнего в числе прочих дворян); но потом забыл о нем и не исполнил обещания относительно ускорения волокиты, которой подвергалось его имущество.
При вторичном возвращении своем в Авдотьино Николай Иванович принялся за приведение в порядок своих дел с целью уплаты долгов.
Несмотря, однако, на все его старания, дело это долго не приходило к развязке. В течение четырех лет оно переходило из одной инстанции в другую и привело к полному разорению не только самого Новикова, но и его кредиторов. Наконец в 1801 году состоялось между ними соглашение, в силу которого решено было освободить присутственные места от нескончаемого разбора дел Новикова и продать все его имущество не с аукционного торга, а хозяйственным образом, для чего и отдать все это имущество Походяшину, которому поручить продажу с тем, чтобы он по мере выручек платил по счетам кредиторов. Долги Новикова исчислялись в 753 537 рублей 43 с четвертью копейки. Эта громадная сумма достаточно говорит о том, как велико было доверие, которым пользовался в обществе Николай Иванович. После передачи всего имущества Походяшину Новиков остался при одном Авдотьине, которое было также уже заложено. На Авдотьино (Тихвенское тож) опека не распространилась, потому что оно находилось в нераздельном владении с братом, Алексеем Ивановичем, который и раньше им заведовал, и потом жил там с детьми Николая Ивановича, так что оно было оставлено, собственно, на его долю.
Остаток своей жизни Николай Иванович провел в крайней бедности, которая вынуждала его иногда даже обращаться к знакомым с письменными просьбами о денежном пособии. После его смерти и Авдотьино было продано за долги с аукциона. Купил его генерал-майор П.А. Лопухин. После смерти последнего жена его передала это имение в собственность московского комитета для разбора и призрения просящих милостыню, с тем чтобы комитет устроил в этом имении богадельню и больницу.
Последние годы жизни Новиков провел в уединении, изредка выезжая из Авдотьина по неотложным делам или к некоторым соседям, с которыми был дружен. Внук его, г-н Рябов, говорит, что он был удручен болезнями, несчастием своего семейства и тягостным положением дел, особенно после смерти брата своего; не принимал никакого участия в литературе, почти со всеми прежними знакомыми расстался, кроме лишь очень немногих; что некоторые из них помогали ему денежными средствами, но что, в общем, твердость духа ему никогда не изменяла и что он всегда казался спокойным, не жаловался и терпеливо переносил свою судьбу. Вот что писал он сам. одному из друзей: “Силы мои изнуряются под тяжким бременем крестов; я так одряхлел, что вы бы меня не узнали”. Новиков действительно нес несколько крестов: на его старческих руках оказались двое больных детей – сын и дочь, у которых, как мы уже сказали, была падучая болезнь. Никакие медицинские средства не помогали. Николай Иванович в конце концов сам пытался лечить их и выписывал разные универсальные средства из-за границы, но бесполезно. Только одна из дочерей, Вера, хотя и слабого здоровья, служила ему утешением: она писала за него все письма, и он называл ее своим секретарем, а сам едва мог дрожавшею рукою подписывать фамилию.