Пирогов, как правило, начинает с конкретной идеи, которая оказывается применимой к огромному кругу проблем. Хирургическую анатомию он разрабатывает и утверждает на базе совершенно конкретного учения о фасциях. Досконально изучив ход каждой фасции, он вывел определенные закономерности взаимоотношений фасций оболочек с кровеносными сосудами и окружающими тканями. То есть открыл новые анатомические законы. Пирогов считал, что если голова «не уравновешивает» руку обширными анатомическими познаниями, нож хирурга, даже опытного, «плутает, как дитя в лесу».
«Хирургическая анатомия артериальных стволов и фасций» содержала свыше полусотни таблиц. Каждую операцию, о которой говорилось в книге, автор проиллюстрировал двумя или тремя рисунками. Он писал, что «хороший анатомо-хирургический рисунок должен служить для хирурга тем, чем карта-путеводитель служит путешествующему».
Когда Николай Иванович поехал во Францию учиться, он осознал, что его уровень как хирурга весьма высок. «Мне было в высшей степени приятно видеть, что ни одно из новейших достижений французской хирургии не осталось мне чуждым и все они время от времени встречались хотя бы в практической работе», – признавался он.
Пирогов также писал из Парижа, что «твердо взял себе за правило больше видеть, чем слышать. То, что здесь слышишь, к сожалению, часто противоречит тому, что видишь. Поэтому я стараюсь больше наблюдать госпитальную практику здешних хирургов, чем посещать их лекции».
В Париже он много ездил по госпиталям и анатомическим театрам, проводил дни на бойне, где разрешали вивисекции над больными животными.
В 1840 году ему исполнилось тридцать. Он уже пять лет занимал профессорскую кафедру, много работал, приходил домой поздно. Помогала по дому верная экономка, пожилая латышка Лена. Пирогов задумался о семье. Он очень нежно относился к дочери Мойера – Катеньке, которую родители называли Белоснежкой. Николай Иванович искренне верил, что, женясь на Катеньке, отблагодарит Мойера, и сделал ей предложение.
Но Катенька сообщила родителям, что Пирогов «всегда был ей безразличен». Она говорила подруге: «Жене Пирогова надо опасаться, что он будет делать эксперименты над нею». Друг семьи поэт Жуковский поддержал Катеньку в ее решении: «Да, что это еще вы пишете мне о Пирогове? Шутка или нет? Надеюсь, что шутка. Неужели в самом деле возьметесь вы предлагать его? Он, может быть, и прекрасный человек и искусный оператор, но как жених он противен».
Пирогову отказали под предлогом, что Катенька Мойер давно обещана другому молодому человеку. Николай Иванович, естественно, обиделся. Но жизнь показала, что все было правильно, потому что и его и Катеньку ждала впереди настоящая любовь. По существу, от того, что их брак не состоялся, оба выиграли.
Вскоре Пирогова пригласили в Медико-хирургическую академию на одну из кафедр хирургии. Его кандидатуру предложил профессор терапии Карл Карлович Зейдлиц, воспитанник Дерптского университета, приятель Жуковского и Мойера.
Но практикующему хирургу не нужна была кафедра без клиники, а в Петербурге при кафедре, которую ему предлагали, клиники не было. Поэтому он разработал проект преобразования находившегося рядом с академией 2-го Военно-сухопутного госпиталя в госпитальную клинику с передачей ее кафедре хирургии. Пирогов обоснованно доказал, что приближение практики к академии улучшит преподавание и подготовку врачей, а приближение теории к клинике усовершенствует лечение больных. Проект приняли.
В конце зимы 1841 года Николай Иванович переехал из Дерпта в Петербург. Подводя итоги всего, сделанного в Дерптском университете, он писал впоследствии: «В течение 5 лет моей профессуры в Дерпте я издал: 1) Хирургическую анатомию артериальных стволов и фасций, 2) Два тома клинических „Анналов“, 3) Монографию о перерезании ахиллесова сухожилия. И сверх этого – целый ряд опытов над живыми животными, произведенных мною и под моим руководством, доставил материал для нескольких диссертаций, изданных во время моей профессуры».
В Петербург Пирогов приехал как известный хирург. На его лекции приходили не только медики, но и студенты других учебных заведений, инженеры, чиновники, военные, даже дамы. Интересно, что дома Пирогов репетировал лекции, повторяя: «Ораторами становятся, поэтами рождаются».
В то время о нем писали многие газеты и литературные журналы. В аудиторию и операционную к Пирогову ломился народ. Президент Петербургского общества русских врачей поднес тридцатилетнему профессору диплом почетного члена этого общества. Предложение Пирогова об организации госпитальной хирургической клиники было горячо поддержано конференцией Медико-хирургической академии, отметившей, что такая клиника принесет обучающимся «величайшую пользу», особенно если руководить ею будет сам Пирогов, «известный не только в России, но и за границей своими отличными талантами и искусством по оперативной хирургии».