Пирогов слишком скромно оценил свой ответ. Будучи кандидатом на обучение в Профессорском институте при Дерптском университете, он сдавал экзамен в числе одиннадцати претендентов и был высоко оценен экзаменующими его профессорами. Иван Федорович Буш сказал об ответе Пирогова: «Превосходно!»
Вместе с Николаем Пироговым экзаменовались Алексей Филомафитский – будущий основоположник русской физиологии, Григорий Сокольский – будущий терапевт, пропагандист передовых методов обследования, автор классических работ по туберкулезу легких, Александр Загорский – один из будущих основателей экспериментального метода преподавания физиологии, Федор Иноземцев – в будущем хирург и организатор, ученый и воспитатель ученых.
Молодая поросль русской медицинской науки выходила на передовые рубежи. Из сотен студентов всего два десятка отобрали для учебы в Профессорском институте, который «придумал» академик Егор Иванович Паррот – физик и педагог, ректор Дерптского университета, один из пионеров российского альпинизма и участник кругосветного путешествия, словом, личность незаурядная.
Институт должен был в сжатые сроки подготовить группу молодых профессоров для российских университетов. Доклад о его устройстве одобрил Николай I, написавший: «…Лучших студентов человек двадцать послать на два года в Дерпт, а потом в Берлин или Париж, и не одних, а с надежным начальником на два года; все сие исполнить немедля».
Дерпт был городом студентов, на его узких улицах шла бурная студенческая жизнь. Повсюду, перекликаясь и шумно беседуя, бродили бурши-корпоранты. У каждой корпорации имелся свой устав, свой суд, своего цвета шапочка, своих цветов перевязь через плечо. У многих буршей на лице были шрамы – следы дуэлей, считавшиеся украшением, свидетельством чести и храбрости. Гордостью студенческого жилища были скрещенные на стене шпаги, небрежно брошенные на подоконнике дуэльные перчатки. Но на дуэлях убивали редко. Противники наносили по семь ударов каждый и расходились или чаще всего отправлялись вместе пить, а потом до полуночи распевали на улицах песни.
Николай Пирогов никогда не был участником описанной выше студенческой жизни: он много работал. Много – это почти 24 часа в сутки. Он готов был и больше, но, к великому его сожалению, хоть изредка, но приходилось спать, что отбирало столь ценное для работы время. Но Пирогов отличался уникальной способностью трудиться без отдыха, непреходящей жаждой работы. Он мог бесконечно работать, не теряя физических сил, ясности мысли, свежести догадок, остроты наблюдений. Он слушал лекции по хирургии, присутствовал на операциях, ассистировал, дотемна засиживался в анатомическом театре, препарировал, ставил опыты, много читал, делал заметки, выписки, пробовал свои литературные силы.
Он опубликовал свою первую научную статью «Анатомико-патологическое описание бедренно-паховой части относительно грыж, появляющихся в сем месте». Частые операции, совершаемые по поводу грыж, и частые печальные исходы, следовавшие за операциями, делали выбранную им тему очень актуальной. Готовя эту статью, Пирогов задает себе вопрос: «Всякий ли человек, называющий себя хирургом, может быть уверен, что точно исполнит свои обязанности, сделает все, чтобы предупредить несчастный исход?» – и отвечает: «…Чтобы наслаждаться таковою уверенностью, для сего требуется многое: для сего требуются отличные сведения анатомические и патологические, для сего нужно, чтобы искусившаяся в исследовании частей человеческого тела рука не была приводима в сотрясание легкостью анатомико-патологических сведений, нужно, чтобы голова была ни легче, ни тяжелее руки».
Пирогов писал решительно, словно выносил приговор: «…Мало того, ежели искусно разрезывает части хирург, надобно, чтобы он имел самые тонкие анатомико-патологические познания о тех частях, которые он разрезывает; иначе он не заслуживает имени хирурга».
В Дерпте его представили знаменитому хирургу, профессору Иоганну Христиану (Ивану Филипповичу) Мойеру, который высоко оценил талантливого ученика, открыв в нем хирургическое дарование, изумительное трудолюбие и прилежание. Какое-то время Пирогов даже жил в доме профессора. Здесь состоялись его знакомства с поэтом Николаем Языковым, литератором Владимиром Соллогубом, друзьями Александра Сергеевича Пушкина: Василием Андреевичем Жуковским, Алексеем Вульфом, Анной Керн. Еще раньше Николай Иванович познакомился и подружился с Владимиром Далем. Это был удивительный человек. Он служил на флоте, работал врачом, был министерским чиновником в Петербурге, под именем Казака Луганского вошел в литературу с повестями, рассказами, очерками, но главное – всю жизнь собирал народные песни, сказки, пословицы, лубочные картинки. Пятьдесят три года из семи прожитых десятилетий он отдал работе над своим «Толковым словарем живого великорусского языка».