“Никогда не забуду, – говорит он в письме к баронессе Раден, – в каком душевном расстройстве я предстал пред ней тогда, почти немедленно после официальной аудиенции у военного министра, где получил незаслуженный выговор. Утомленный мучительными трудами, в нервном возбуждении от результата своих испытаний на поле битвы, я велел доложить о себе военному министру почти тотчас по своем приезде и не обратил внимания, в каком платье я к нему явился. За это я должен был выслушать резкий выговор насчет моего нерадения к установленной форме от г-на Анненкова (генерал-адъютант Н. И. Анненков, назначенный после смерти Веймарна попечителем Медико-хирургической академии). Я был так рассержен, что со мною приключился истерический припадок со слезами и рыданием (я теперь сознаюсь в своей слабости). После этой выходки
На следующий год после бурной деятельности военно-полевого хирурга кавказской экспедиции Пирогов принялся за совершенно мирную, но не менее трудную работу: за изучение азиатской холеры, эпидемия которой вспыхнула в Петербурге в 1848 году. Для того чтобы изучить эту тогда еще малоисследованную болезнь, Пирогов устроил в своей клинике особое холерное отделение. Его преимущественно интересовала патологоанатомическая сторона вопроса, то есть те стойкие болезненные изменения в тканях и органах тела, которые вызываются холерой. За время эпидемии Пирогов сделал более 800 вскрытий трупов холерных больных, умерших в госпитале и городских больницах. Результаты своих исследований Пирогов изложил в весьма солидном труде, носившем заглавие “Патологическая анатомия азиатской холеры” и появившемся в 1849–1850 годах на двух языках, русском и французском. За это сочинение, снабженное атласом с раскрашенными рисунками, Пирогову была присуждена Академией наук полная Демидовская премия.
Профессорская деятельность Пирогова в Медико-хирургической академии занимает 14-летний период времени, с 1841-го по 1854 год. Это было время полного расцвета сил Пирогова, время многосторонней и плодотворной научной и практической его деятельности. Занимая созданную им кафедру госпитальной хирургии, он читал вместе с тем лекции патологической и топографической анатомии и заведовал громадною хирургическою клиникой. Как директор вызванного им к жизни анатомического института он руководил занятиями студентов и врачей и сам с увлечением разрабатывал огромный анатомический материал, находившийся в его распоряжении. В этом же институте он продолжал свои занятия экспериментальною хирургией, ставил опыты над животными. Помимо занятий по академии, Пирогов состоял еще консультантом больших петербургских больниц – Обуховской, Марии Магдалины, Петропавловской и Максимилиановской. Наконец, он имел первую хирургическую практику во всей столице.