Во время студенчества Пирогова материальное положение семьи пришло в окончательный упадок. Выход в отставку сильно повлиял на старика-отца, подорвал его энергию и потому неблагоприятно отразился на занятиях частными делами. В конце первого года студенчества (1 мая 1825 года) отец Пирогова внезапно умер. Уже через месяц после смерти отца семья, состоявшая из матери, двух сестер и студента Николая, должна была предоставить дом и все, что в нем находилось, казне и частным кредиторам. Выброшенной буквально на улицу семье помог троюродный дядя Пирогова Андрей Филимонович Назарьев, заседатель какого-то московского суда, живший с многочисленным своим семейством в маленьком собственном домике, в котором он уступил мезонин с тремя комнатами и чердаком осиротевшей семье Пироговых. Назарьев представлял собой “тип небольшого чиновника-муравья”. “Эта добрейшая и тишайшая душа, – говорит Пирогов, – поил иногда и меня чаем в ближайшем трактире, когда я заходил в суд у Иверских ворот, отвозил меня иногда на извозчике из университета домой и однажды – этого я никогда не забывал, – заметив у меня отставшую подошву, купил мне сапоги”. Впоследствии, будучи уже профессором в Дерпте, Пирогов, желая отблагодарить А. Ф. Назарьева “не столько за даровой приют, сколько за сапоги”, взял к себе на воспитание его маленького сына. Попытка отблагодарить таким путем дядю не увенчалась успехом: из мальчика ничего не вышло. Впоследствии Пирогову говорили, что его воспитанник получил место в московской полиции. “Мог ли я ожидать, – восклицает по этому поводу Пирогов, – что сделаюсь воспитателем квартальных”. В доме дяди Пироговы прожили год, а потом они наняли квартиру и держали жильцов. Мать и сестры, кроме того, занимались мелкими работами, одна из сестер поступила надзирательницей в какое-то благотворительное детское заведение. Уроки давать Пирогов не мог, потому что одна ходьба в университет и обратно занимала четыре часа времени. “Летом в сухую погоду, куда ни шло, я бегал по Никитской исправно, но в грязь осенью, ночью, ой, ой, ой, как плохо приходилось мне, бедному мальчику!” – вспоминает знаменитый хирург. К тому же и мать была против того, чтобы он работал на себя, и слышать не хотела, чтобы он сделался стипендиатом или казеннокоштным, считая это чем-то унизительным. “Ты будешь, – говорила, – чужой хлеб заедать; пока хоть какая-нибудь есть возможность, живи на нашем”.
Впрочем, расходы на университет были тогда невелики: платы за слушание лекций не полагалось, мундиров не существовало. Когда позднее ввели мундиры, сестры сшили Пирогову из старого фрака какую-то мундирную куртку с красным воротником, и Пирогов, чтобы не обнаруживать несоблюдения формы, сидел на лекциях в шинели, выставляя на вид только светлые пуговицы и красный воротник.
Семье помогал также крестный отец Пирогова, московский именитый гражданин, Семен Андреевич Лукутин.
Так перебивалась семья, с хлеба на воду, и благодаря самоотверженности матери и обеих сестер будущему светилу русской медицины удалось пройти университетский курс. “Как я или лучше мы, – говорит Пирогов, – пронищенствовали в Москве, во время моего студенчества, это для меня осталось загадкой”.
В конце 1822 года последовало Высочайшее повеление об учреждении при Дерптском университете института “из двадцати природных россиян”, предназначенных для замещения со временем профессорских кафедр в четырех русских университетах.
Идея учреждения профессорского института принадлежала академику Парроту и была вызвана необходимостью обновить состав профессоров научно подготовленными силами. Кроме немногих иностранных знаменитостей, приглашенных в Россию, профессора во всех русских университетах принадлежали к типу московских “комиков”. Один только Дерптский университет стоял в то время на подобающей научной высоте. Поэтому Паррот, бывший раньше профессором физики в Дерптском университете, и выработал проект, чтобы окончивших курс в разных университетах отправляли в Дерпт на два года для специального изучения какой-либо науки. После двухлетнего пребывания в Дерптском университете молодые ученые посылались еще на два года за границу и по возвращении оттуда назначались профессорами. Выбор студентов и окончивших университетский курс для отправления в профессорский институт предоставлялся советам университетов. Всех кандидатов отправляли за казенный счет в Петербург, где они подвергались контрольному испытанию в Академии наук по своей специальности. По выдержании этого испытания они посылались в Дерпт, в противном же случае с совета соответствующего университета взыскивались деньги, издержанные на отправление кандидатов в Петербург.