В 1847 году медики начинают использовать для наркоза кроме эфира еще и хлороформ, действие которого было сильнее, а сон наступал быстрее. Для его применения не требовалось специальных аппаратов – платок или кусок марли, смоченный в хлороформе, мог заменить маску. Пирогов стал оперировать под хлороформом. Он провел тысячи операций и сделал вывод: «Итак, и наблюдение, и опыт, и цифра говорят в пользу анестезирования, и мы надеемся, что после наших статистических исчислений, сделанных совестливо и откровенно, ни врачи, ни страждущие не будут более, увлекаясь одними предположениями и предрассудками, восставать против нового средства, столь важного в нравственном и терапевтическом отношении».
Но не только анестезия привлекала Пирогова. Он стал практиковать «сберегательное лечение» и заменять ампутации резекциями, иссечениями суставов. Несколько резекций локтевого и плечевого суставов хирург провел прямо на поле боя.
Сложный перелом прежде тоже означал ампутацию. Николай Иванович применил неподвижную крахмальную повязку. Он считал, что обездвижение может спасти конечность. Чтобы испытать, хороша ли крахмальная повязка, Пирогов после многочасовых операций сам сопровождал караваны с ранеными, на трудных горных тропах сравнивал, изучал транспортные средства, наблюдал за состоянием больных в пути.
И еще одно важное правило «сберегательного лечения» вывел на Кавказе Пирогов – это рассечение ран. Он расширял входное и выходное отверстия огнестрельных ран, чтобы «доставить свободный выход скопившемуся в глубине раны гною, излившейся крови и омертвелой клетчатке». Первичную обработку ран Пирогов считал главным условием для их успешного лечения.
По возвращении с Кавказа он написал «Отчет о путешествии по Кавказу» и приложил к нему «Таблицу операций, произведенных нами и другими хирургами в России с помощью анестезирования».
Военный министр князь Александр Иванович Чернышев холодно принял Пирогова, врач, видите ли, пришел не в том мундире. После этого, уже дома, с Николаем Ивановичем случилась истерика. Он сам признавался: «…Со мною приключился истерический припадок со слезами и рыданиями». Все трудности, перенесенные на Кавказе, не выдавили из него ни слезинки, а эта невероятная несправедливость заставила заплакать!
Высшее общество, так называемый свет не принимал Пирогова с его обостренным чувством ответственности, неукротимым трудолюбием, глубокой нравственностью, пренебрежением светскими условностями.
Обладая непростым характером, Пирогов приобрел себе много врагов, среди которых был и Фаддей Булгарин, писавший клеветнические фельетоны и письма, в которых унижал Пирогова, отрицал его научные заслуги, высмеивал его характер, взгляды, поступки. В конце концов Булгарин обвинил Пирогова в плагиате, заявив, что тот «заимствовал» часть своего «Курса прикладной анатомии» из сочинения английского анатома Чарльза Белла.
Николай Иванович не счел нужным защищать свою честь ученого перед неучем, он потребовал суда над клеветником и подал в отставку. Отставку знаменитого хирурга не приняли, потому что началась эпидемия холеры: только в Петербурге и окрестностях умерло шестнадцать с половиной тысяч человек. Его ждала опасная работа, в которой нуждалось общество, он был необходим как врач, как профессионал.
Пирогов со всей присущей ему основательностью провел планомерное изучение болезни и написал по результатам своих исследований труд «Патологическая анатомия азиатской холеры. Из наблюдений над эпидемиею, господствовавшею в России в 1848 году». К труду прилагался патолого-анатомический атлас этого заболевания.
Постепенно вокруг ученого сформировался «Пироговский врачебный кружок» – «Ферейн», заседания которого посещали физиолог Загорский, терапевт Здекауэр, акушер Шмидт, фармаколог Реймерс, старый товарищ Николая Ивановича Владимир Даль. Сам Пирогов сделал в кружке более ста сообщений по хирургии, терапии, неврологии, фармакологии, судебной медицине. Здесь его понимали и принимали.
После смерти Екатерины Дмитриевны Николай Иванович дважды хотел жениться. Он понимал, что сыновьям нужна мать. Но он не мог жениться без любви. Размышляя о возможном браке, Пирогов создал в своем воображении идеал необходимой ему женщины – друга, жены, матери. Он даже написал об этом статью, которая в списках ходила по рукам под названием «Идеал женщины». Другая его известная статья, тоже разошедшаяся в списках, – «Вопросы жизни», была посвящена проблемам воспитания.