Метод бальзамирования, предложенный Выводцевым, был апробирован в ситуации внезапной смерти китайского посла в Санкт-Петербурге. Забальзамированное Выводцевым тело посла выдержало весьма длительное по тем временам путешествие в Пекин. Весь необходимый для процедуры бальзамирования инструментарий был также спроектирован им. За свой метод 19 января 1876 года доктор Выводцев был удостоен первой премии на Филадельфийской международной выставке.
Еще в 1879 году Д. И. Выводцев опубликовал свою работу под названием «О бальзамировании вообще и о новейшем способе бальзамирования трупов без вскрытия полостей, посредством салициловой кислоты и тимола», которая была практически единственной в России книгой по бальзамированию.
Давид Ильич согласился забальзамировать по своей методе тело Пирогова. На это требовалось разрешение Святейшего синода. Оно было получено. В виде исключения, «отмечая заслуги раба Божьего…», духовенство согласилось не предавать тело Пирогова земле, а забальзамировать его.
Бальзамирование могло быть эффективным, только если оно проведено сразу вскоре после смерти, поэтому к нему надо было приготовиться заранее. Вопрос о бальзамировании своего тела возник, по-видимому, у Пирогова не накануне своей смерти, он обдумал его значительно раньше.
Перед бальзамированием тела Пирогова Выводцев вырезал часть опухоли, занимавшей всю правую половину верхней челюсти и распространившейся по полости носа. Ее исследования в Петербурге подтвердили, что у Н. И. Пирогова оказался характерный «роговой рак», о чем он сам и писал.
До сих пор остается тайной, почему Пирогов разрешил забальзамировать свое тело после смерти. Перевозить тело никуда не требовалось, Николай Иванович оставался в своем фамильном склепе. Походить на царствующие особы великий хирург явно не желал, и его похороны были довольно скромными.
Николай Иванович Пирогов умер в селе Вишня 23 ноября 1881 года.
24 января 1882 года саркофаг с телом Николая Пирогова, дотоле пребывавший в деревянной кладбищенской церкви неподалеку от усадьбы, был установлен в склепе. Три года спустя над ним построили церковь, престол которой освятили во имя Николая Чудотворца.
Тело Пирогова пребывает в забальзамированном состоянии до сегодняшнего дня. По методике Выводцева специалисты из НИИ «Мавзолей Ленина» проводят раз в несколько лет ребальзамирование. И каждый раз убеждаются, что научный эксперимент Выводцева является уникальным.
После Великой Отечественной войны в усадьбе Пирогова, находившейся в крайне запущенном состоянии, благодаря усилиям военных медиков, согласно постановлению Наркомата здравоохранения СССР, начались работы по созданию в Вишне мемориального музея Пирогова, который был открыт в 1947 году.
Теперь это Национальный музей-усадьба Н. И. Пирогова, который включает в себя дом ученого, его аптеку, усадьбу, сад и парк, фамильную церковь, в которой покоится забальзамированное тело великого хирурга.
В коллекции музея более 15 тысяч уникальных экспонатов: личных вещей, медицинского инструментария, в библиотеке около 12 тысяч книг и журналов, многие из них с пометками самого Пирогова. Экспозиции музея рассказывают о врачебной, педагогической и общественной деятельности ученого. В восстановленном рабочем кабинете хирурга, его приемной комнате, операционной и аптеке все так, как было при его жизни. Восковые фигуры самого Пирогова и его пациентов усиливают у посетителей впечатление реальности всего их окружающего.
В честь Н. И. Пирогова назван Винницкий национальный медицинский университет – ВНМУ им. Н. И. Пирогова.
Улица Пирогова – самая длинная в Виннице, ее длина 8 километров.
Центральная городская больница Севастополя также носит имя Николая Ивановича Пирогова. Улица Пирогова в Киеве проходит от станции метро «Университет» до улицы Богдана Хмельницкого.
В честь Николая Пирогова назван астероид 2506 Pirogov.
Он был гениальным хирургом, анатомом, морфологом, педагогом и воспитателем. В его трудах немало страниц посвящено тому, как уважать свой народ и свою страну, как любить и защищать Родину.
21 ноября 1910 года в Петербурге в зале Городской думы на заседании, посвященном 100-летию Н. И. Пирогова, Анатолий Федорович Кони выступил с речью «Пирогов и школа жизни». Оценивая характер ученого, он сказал: «…есть, однако, характеры, до конца остающиеся верными себе, умеющие отдавать себя всецело и бесповоротно служению излюбленной идее, обладающие закалом для борьбы за нее и способностью проводить ее в жизнь. Людям, владеющим таким характером, свойственно то, что французы называют esprit de combativite (боевой дух). Они на своем житейском пути осуществляют завет Сенеки: „Vivere est militare“ (жизнь – это борьба). Таким именно характером обладал Пирогов. Он сам в „Вопросах жизни“ говорит: „Без вдохновения – нет воли, без воли – нет борьбы, а без борьбы – ничтожество и произвол“».