Кейтель показал, что противился вторжению в Советский Союз по военным соображениям и также потому, что это было бы нарушением пакта о ненападении. Тем не менее он поставил свои инициалы под планом «Барбаросса», подписанным Гитлером 18 декабря 1940 года, и участвовал в совещании ОКВ с Гитлером 3 февраля 1941 года. В приложении, изданном Кейтелем 13 марта, устанавливался порядок взаимоотношений между представителями армии и политическими работниками. Он издал плановую таблицу по вторжению 6 июня и участвовал 14 июня в инструктивном совещании, на котором генералы представляли свои окончательные доклады перед нападением. Он назначил Йодля и Варлимонта представителями от ОКВ по вопросам, касающимся восточных территорий, при министерстве Розенберга.
16 июня он распорядился о том, чтобы все соединения армии проводили экономические директивы по эксплуатации русской территории, продовольствия и сырьевых материалов, изданные Герингом в так называемой «Зеленой папке».
4 августа 1942 года Кейтель издал директиву о том, что парашютисты должны передаваться СД. 18 октября Гитлер издал приказ о «коммандос», который в нескольких случаях был проведен в жизнь. После высадки в Нормандии Кейтель подтвердил этот приказ и позднее распространил его на специальные отряды союзных «коммандос», сражавшихся вместе с партизанами. Он признает, что не считал этот приказ законным, но утверждает, что не мог помешать Гитлеру издать его.
Когда 8 сентября 1941 года ОКВ издало свои жестокие правила в отношении советских военнопленных, Канарис написал Кейтелю, что в соответствии с международным правом СД не должна иметь к этому никакого отношения. На этом меморандуме рукой Кейтеля сделана пометка, датированная 23 сентября, под которой он поставил свои инициалы: «Возражения возникают из военного представления о рыцарском ведении войны. Это является разрушением идеологии. Поэтому я одобряю и поддерживаю эти меры». Кейтель в своих показаниях заявил, что на самом деле он был согласен с Канарисом и спорил с Гитлером, но безуспешно. Начальник ОКВ распорядился о том, чтобы военные власти сотрудничали с эйнзатцштабом Розенберга в разграблении культурных ценностей на оккупированных территориях.
Лахузен показал, что 12 сентября 1939 года Кейтель, в то время как они находились в штабном поезде Гитлера, заявил ему, что польская интеллигенция, дворянство и евреи должны быть ликвидированы. 20 октября Гитлер сказал Кейтелю, что нельзя допускать, чтобы интеллигенция могла стать руководящим классом, что жизненный уровень должен оставаться низким и что Польша будет использована только как источник принудительного труда. Кейтель не помнит этого разговора с Лахузеном, но признает, что такая политическая линия существовала; и что он заявлял свои протесты Гитлеру по этому поводу, но безрезультатно.
16 сентября 1941 года Кейтель приказал в качестве ответной меры, в случаях нападения на солдат на Востоке, казнить от 50 до 100 коммунистов за каждого немецкого солдата, добавив, что человеческая жизнь на Востоке не имеет никакой цены. 1 октября он приказал, чтобы военные командующие всегда имели в своем распоряжении заложников для того, чтобы казнить их в случае нападений на солдат. Когда Тербовен, имперский уполномоченный в Норвегии, написал Гитлеру, что предложение Кейтеля о привлечении к ответственности родственников лиц, виновных в совершении диверсионных актов, окажет действие только тогда, если будет санкционирован расстрел, Кейтель написал на этом меморандуме: «Да, — это лучшее решение», 12 мая 1941 года, за пять недель до вторжения в СССР, ОКВ настойчиво требовало от Гитлера издания командованием сухопутных сил директивы о ликвидации политических комиссаров армий. Кейтель признал, что эта директива была передана командирам в действующую армию.
13 мая Кейтель подписал приказ о том, что лица из числа гражданского населения, подозреваемые в преступлениях против войск, должны расстреливаться без суда и что судебное преследование германских солдат за преступления против гражданского населения не является необходимым 27 июля был издан приказ о том, чтобы все копии этой директивы были уничтожены. Но, несмотря на это, она оставалась в силе. За четыре дня до этого он подписал другой приказ о том, что вынесение наказаний в результате судебного разбирательства не отвечает требованиям обстановки и что войска должны применять террор.
7 декабря 1941 года, как уже указывалось в данном приговоре, за подписью Кейтеля был издан так называемый декрет «Мрак и туман», который предусматривал, что на оккупированных территориях лицам из гражданского населения, обвинявшимся в преступлениях по оказанию сопротивления оккупационным войскам, может быть предоставлено право предстать перед судом только в тех случаях, если предполагалось вынесение смертного приговора; во всех других случаях лица из числа гражданского населения должны были передаваться гестапо для отправки в Германию.