Защита утверждает, что эти приказы и подтверждающие их доказательства не доказывают существования такой политики, и представила много доказательств, свидетельствующих об обратном. Трибунал придерживается мнения, что доказательства не устанавливают с несомненностью, требуемой в данном случае, того факта, что Дёниц намеренно приказал убивать людей, спасшихся с потопленных судов. Приказы были, несомненно, двусмысленными и заслуживают серьезнейшего осуждения.
Доказательства далее устанавливают, что правила о спасении утопающих не выполнялись Германией и что подсудимый приказал не выполнять их. Утверждение защиты сводится к тому, что безопасность подводной лодки, — что является основным правилом на море, — стоит выше, чем спасение людей, и что развитие воздушного флота сделало спасательные операции невозможными. Это, возможно, и правильно, но Протокол весьма точен в формулировках. Если командир не может проводить спасательных операций, он, в соответствии с условиями Протокола, не может топить торговое судно и должен дать ему возможность безопасно пройти перед перископом. В таком случае эти приказы доказывают, что Дёниц виновен в нарушении Протокола.
Учитывая все доказанные факты и в особенности приказ британского адмиралтейства, объявленный 8 мая 1940 года, о том, что все суда, появившиеся в Скагерраке ночью, должны быть потоплены, а также ответы адмирала Нимица на опросный лист, которые гласят, что Соединенные Штаты вели в Тихом океане неограниченную морскую войну с первого дня вступления этого государства в войну, мера наказания Дёницу определяется на основании нарушения им международного права в области подводной войны.
Дёницу также инкриминировалась ответственность за приказ Гитлера относительно «коммандос» от 18 октября 1942 года Дёниц признал, что он получил этот приказ и знал о нем, когда он был командующим подводным флотом, однако он отрицал свою ответственность. Он указывал, что в приказе было точно сформулировано, что он не распространяется на лиц, захваченных в ходе морской войны, что у флота не было морской пехоты и что командиры подводных лодок не имели возможности столкнуться с «коммандос».
В одном случае, когда он был главнокомандующим военно-морского флота, в 1943 году, команда союзного торпедного катера была захвачена германскими военно-морскими силами. Команда была допрошена в разведывательных целях по поручению адмирала, командовавшего этими судами, и затем по его приказу передана в СД и расстреляна. Дёниц заявил, что если бы эти лица были захвачены флотом, их расстрел явился бы нарушением приказа о «коммандос», что сообщения о казни в оперативной сводке вооруженных сил не было и что его никогда не информировали об этом случае. Он подчеркнул, что адмирал, о котором шла речь, не подчинялся ему но команде, а был подчиненным армейского генерала, руководившего операциями по оккупации Норвегии. Однако Дёниц оставил этот приказ в силе, когда он стал главнокомандующим, и в такой степени он несет за него ответственность.
Дёниц на совещании 11 декабря 1944 года сказал: «12 000 заключенных концентрационных лагерей будут использованы в доках в качестве вспомогательной рабочей силы». В этот период строительство судов не входило в сферу его юрисдикции, и он утверждает, что это было лишь предложение, сделанное им на совещании, о том, чтобы руководящий офицерский состав содействовал строительству судов, что он не предпринимал никаких шагов, чтобы получить этих рабочих, поскольку этот вопрос не входил в его ведение, и не знает, были ли они вообще когда-нибудь получены. Он признает, что знал о существовании концентрационных лагерей. Человек, занимавший его положение, должен был обязательно знать о том, что большое количество жителей оккупированных стран подвергалось заключению в концентрационные лагеря.
В 1945 году Гитлер запросил мнение Йодля и Дёница относительно того, следует ли отказаться от Женевской конвенции. Заметки о совещании между двумя военными руководителями 20 февраля 1945 года показывают, что Дёниц высказал свою точку зрения, сводившуюся к тому, что недостатки такой меры перевесят ее преимущества. Резюме мнения Дёница, содержавшееся в заметках, сделанных одним из офицеров, содержит следующую фразу: «Будет лучше проводить меры, которые мы сочтем необходимыми, без предупреждения и любой ценой сохранить реноме в глазах внешнего мира».