Скорее всего, смерть Н. Д. Зори не была случайной и была связана с теми вопросами, которыми занимался этот военный юрист во время Нюрнбергского процесса. В частности, он имел отношение к обсуждению на суде скандальной истории о расстреле весной 1940 года польских военнопленных в Катынском лесу близ Смоленска. Дело в том, что эта трагедия была включена советской стороной в перечень обвинений на Нюрнбергском процессе над нацистами. Были представлены документы, что расстрел организовало немецкое командование.
Забегая немного вперед, отметим, что рассмотрение Катынского дела в Нюрнберге проходило 1–2 июля 1946 года. И Катынский расстрел фигурирует в обвинительном заключении Международного военного трибунала в разделе «Убийства и жестокое обращение с военнопленными и другими военнослужащими стран, с которыми Германия находилась в состоянии войны». Однако он отсутствует в приговоре трибунала. Несмотря на это, советская историография утверждала, что Нюрнбергский трибунал признал немцев виновными в Катынском расстреле.
14 февраля 1946 года в Нюрнберге полковник Ю. В. Покровский выдвинул обвинение по Катынскому делу, основанное на материалах комиссии Н. Н. Бурденко. Трибунал посчитал возможным вызвать в качестве свидетелей полковника Фридриха Аренса и еще нескольких немцев, объявленных причастными к этому расстрелу. Советская сторона возражала. Но допрос все же состоялся, и немцы показали, что 537-й полк связи Фридриха Аренса в боях не участвовал и в принципе не мог иметь отношения ни к каким расстрелам.
Советская сторона представила своих свидетелей, и те дали нужные СССР показания.
В результате рассмотрение Катынского дела в Нюрнберге было прекращено. Адвокаты обвиняемых заявили, что нормальных доказательств причастности людей полковника Аренса к расстрелу нет, но при этом цель поиска истинных виновников Катынского расстрела принципиально невыполнима, так как Международный военный трибунал в принципе не мог рассматривать обвинения против стран антигитлеровской коалиции.
В итоге трибунал не поддержал советское обвинение, и в конечном приговоре катынский эпизод отсутствует. То есть, по сути, в ходе судебных заседаний членами советской делегации была допущена «оплошность», и стороне защиты удалось добиться своего.
Так какое же все это имеет отношение к смерти прокурора Н. Д. Зори?
Некоторые историки высказывают мнение, что Зоря, разбираясь с противоречащими друг другу материалами по Катынскому делу, понял, что в советских документах многое напутано и даже искажено. Для продолжения слушаний по данному эпизоду обвинения нужно было бы во всем тщательно разобраться. Однако сделать это без санкции «высокого руководства» Николай Дмитриевич не мог. Он обратился к своему начальству, находившемуся в Нюрнберге, и попросил срочно предоставить ему возможность вылететь в Москву, чтобы доложить в Кремле о «вновь выявленных обстоятельствах». Однако в ответ получил категорический запрет.
А на следующий день Н. Д. Зоря «случайно застрелился».
По данным других историков, Н. Д. Зоря «провинился» не в Катынском деле, а в конфузе сo всплывшими из небытия (вопреки категорическому нежеланию этого со стороны Кремля) документами, связанными с Пактом Молотова-Риббентропа. Якобы его не стало на следующий день после того, как Иоахим фон Риббентроп в ходе своего выступления восстановил по памяти текст Секретного протокола к этому пакту, в котором говорилось о готовившемся разделе Польши. Это наделало много шума, и вину за такой «прокол» в Кремле возложили на своих представителей в Нюрнберге: мол, прошляпили, вовремя не заткнули рот немцам… Скорее всего, нужен был «стрелочник», и им назначили именно 39-летнего Н. Д. Зорю.
Т. С. Ступникова, переводчица на процессе, позднее вспоминала: