Родился Зоря в 1907 году в Киеве. Его мать умерла в 1921 году, а отца он не помнил. Некоторое время он беспризорничал, потом стал воспитанником детского дома. В 16 лет поступил в Московский университет, где его будущий начальник А. Я. Вышинский был ректором. Став юристом, Зоря начал работать в прокуратуре. В августе 1939 года, когда шеф НКВД Л. П. Берия начал «чистку» в органах внутренних дел, Николай Зоря поспешно вступил в ряды Красной Армии рядовым, участвовал в советско-финской войне, а в годы Великой Oтечественной войны был военным прокурором в 44-й армии, а потом в 1-й гвардейской армии.
28 декабря 1945 года Н. Д. Зоря вылетел в Германию для участия в Нюрнбергском процессе. Среди его достижений на процессе выделялся допрос фельдмаршала Паулюса.
Так вот этот человек, на тот момент государственный советник юстиции 3-го класса (по сути, генерал-майор юстиции) был найден застреленным (или застрелившимся) в съемной квартире на Гюнтер-Мюллер-штрассе, 22. Следствие по делу о смерти Н. Д. Зори вел прокурор Л. Н. Смирнов, но тайна его гибели не раскрыта до сих пор.
Зоря был найден мертвым, в нижнем белье на разобранной для сна кровати, укрытый одеялом. Под рукой у него на одеяле лежал пистолет системы «Вальтер».
В протоколе осмотра места происшествия говорилось:
«Тело прикрыто до верхней четверти груди одеялом <…> В области правого виска входное отверстие пулевого ранения, с резко выраженным пороховым ожогом величиной 2,5 х 1,5 см. Выходное отверстие в левой половине затылка в 8 см от левого уха <…> Левая рука согнута в локте, и кисть левой руки находится на уровне лица (у правого глаза). Правая рука также согнута в локте, причем кисть правой руки лежит на груди. На одеяле (в области живота) лежит пистолет системы „Вальтер“, калибра 7,65 мм. Также на одеяле стреляная гильза от пистолета того же калибра <…> Подушка и простыня обильно смочены кровью <…> В кармане пиджака, висящего на спинке стула (у письменного стола), обнаружены две записки, изъятые и приобщенные к настоящему протоколу. Кроме того, во внутреннем кармане пиджака обнаружены паспорт на имя Зоря (дипломатический), ночной пропуск по городу Нюрнбергу и 170 рублей советскими деньгами. На круглом столе находится нетронутый ужин. На кресле возле стола брошена пижама, в кармане которой найдена незаконченная записка: „Перед партией и советской… я совершенно не…“. Записка приобщена к протоколу осмотра. В печке обнаружено значительное количество бумажного пепла. На подоконнике стреляная гильза пистолета калибра 12 мм. Из доски книжной полки извлечена деформированная никелированная пуля калибра 7,65 мм».
Через несколько дней выдали официальную версию: Николай Дмитриевич Зоря погиб в результате несчастного случая, из-за неосторожного обращения с оружием. Типа чистил пистолет и ненароком нажал на спусковой крючок.
Впрочем, это объяснение не всем показалось убедительным. Неужели человек в здравом рассудке станет заниматься чисткой своего пистолета, предварительно раздевшись и улегшись в постель?
И тут же появилась вторая версия (для внутреннего пользования): Н. Д. Зоря ушел из жизни из-за переживаний личного характера. Но тогда вопрос: а почему тело погибшего высокопоставленного военного юриста не было отправлено для похорон в Москву? Почему его поспешно похоронили в Германии (в советской зоне оккупации, в Лейпциге)? Почему, в конце концов, офицер застрелился не в мундире, например, за столом, а в нижнем белье на разобранной кровати, да еще и укрывшись одеялом?