Эти специальные отряды не действовали независимо от германских вооруженных сил. Имеются ясные доказательства того, что руководители эйнзатцгрупп сотрудничали с армейскими командирами. В одном случае взаимоотношения между эйнзатцгруппой и военными властями описывались как «очень близкие, почти дружеские», в другом случае успешный ход операций эйнзатцкоманды был приписан «пониманию проводимых мероприятий» военными властями. Части полиции безопасности и СД на оккупированных территориях Востока, находившиеся в ведении гражданской администрации, получили аналогичное задание. Обдуманный и систематический характер преследования евреев лучше всего иллюстрируется докладом бригадного генерала СС Штрупа, на которого была возложена ответственность за уничтожение гетто в Варшаве, фактически проведенное в жизнь в 1943 году. Этот отчет был представлен Трибуналу в качестве доказательства и был иллюстрирован фотографиями, и на его первой странице была сделана надпись: «Еврейское гетто в Варшаве больше не существует». Этот том содержит ряд отчетов, посланных Штрупом высшему руководителю СС и полиции на Востоке. В апреле и мае 1943 года в одном из отчетов Штруп писал:
«Сопротивление, которое оказывали евреи и бандиты, могло быть подавлено лишь в результате сильных боев наших отрядов, не прекращавшихся ни днем, ни ночью. Поэтому рейхсфюрер СС приказал 23 апреля 1943 г. очистить гетто, применяя крайнюю жестокость и проявляя беспощадное упорство. Было решено уничтожить и сжечь все гетто, невзирая на то, что там имелись военные заводы. С этих заводов мы систематически вывозили оборудование, а затем сжигали их. Обычно евреи выходили из тех мест, в которых они скрывались, но часто они оставались в горевших зданиях и выпрыгивали из окон только тогда, когда жара становилась невыносимой. Тогда они "пытались, несмотря на переломы костей, переползать по улице в те здания, которые еще не были охвачены огнем. Жизнь в канализационных трубах не была приятной. Мы не раз слышали громкие голоса в канализационных трубах... Мы стали бросать туда в отдушины слезоточивые бомбы и таким образом выгнали евреев из канализационных труб и захватили их. Бесчисленное количество евреев было ликвидировано в канализационных трубах и бункерах во время взрывов, и чем дольше продолжалось сопротивление, тем более жестокими становились члены войск СС, полиции и вооруженных сил, всегда образцово исполнявшие свои обязанности».
Штруп говорит в своем отчете, что в результате его мероприятий в Варшаве уничтожено 56 065 человек. К этому мы должны добавить тех, которые были убиты во время взрывов, при пожарах и т.д., количество которых учесть невозможно.