Ньютон закончил читать курс лекций по оптике и осенью 1673 года уже начал вести новый курс – по арифметике. Для студентов, случайно забредавших в аудиторию, его лекции казались невероятно трудными, почти непонятными, однако он продолжал читать их еще одиннадцать лет. Тексты этих девяноста семи лекций были, согласно правилам, в конце концов переданы на хранение в университетскую библиотеку.
Очередным подтверждением высокого положения Ньютона в колледже стало переселение в новые, более роскошные покои. Они располагались в передней части колледжа, на первом этаже, между главными воротами и университетской церковью. При них имелся небольшой садик, где он прогуливался, предаваясь размышлениям; кроме того, там была крытая лестница и галерея, в которой он установил свой телескоп-рефлектор. По всей видимости, рядом находилась маленькая пристройка-сарайчик, превращенная им в лабораторию. Вместе с Ньютоном в это жилище перебрался и Уикинс: нет никаких сомнений, что он по-прежнему оставался помощником Ньютона.
В новом жилище Ньютон продолжил то, что один из современников назвал «химическими штудиями». Перед этим он уже разъяснил Ольденбургу, что погрузился в «некоторые иные предметы» и «собственные мои занятия, ныне поглощающие почти всё мое время и мысли»: по всей видимости, он имел в виду алхимические эксперименты, понятные лишь немногим. В то же самое время он углубился в еще один предмет, тесно связанный с его алхимическими опытами и исследованием античной мудрости: он начал изучать Писание. На обороте черновика письма к Ольденбургу, в котором он заявлял о намерении оставить «философию», он набросал кое-какие сведения, касающиеся ветхозаветных пророчеств.
Особенно усердно он изучал пророчества Даниила и Откровение Иоанна Богослова. Он пытался отыскать вечную истину. Для него между наукой и теологией не существовало разрыва: они являлись частью одной задачи. И теология, и наука в равной мере служили путями Господними, ключами к истинному пониманию Вселенной. Он был философом в древнем смысле этого слова – искателем мудрости. В одном из своих предыдущих трактатов,
Как и следовало ожидать, Ньютон изучал Ветхий Завет тщательно и скрупулезно. Он сделал больше тридцати переводов-версий Библии. Он выучил древнееврейский, чтобы изучать тексты пророков в оригинале. Он завел особую книжку, куда заносил основные вехи своих изысканий, с заголовками вроде
В особенности Ньютона заинтересовал один ученый диспут IV века: в ходе его разбора он пришел к выводу, что истинная вера (протестантизм, каким он его понимал) с годами претерпела губительные искажения. Горячие споры велись в те древние времена между Арием и Афанасием. Афанасий защищал концепцию, позже ставшую ортодоксальной доктриной о Троице, где Христос рассматривался равным, или «единосущим», Богу. Арий возражал против этой доктрины, отрицая, что Христос – одной сущности с Богом. Взгляды Афанасия были приняты Никейским собором 325 года и стали частью Никейского Символа веры.
Однако в ходе методичного изучения библейских текстов Ньютон пришел к выводу, что Афанасий совершил подлог, умышленно вставив в текст Священного Писания важнейшие слова, подтверждавшие его возражения против теории, согласно которой Христос является Богом. В этом деянии его поддержала римская церковь, и это искажение священных текстов стало причиной искажения собственно христианского вероучения. Чистоту и веру, свойственные раннехристианской церкви, разрушили рьяные фанатики, стремившиеся преклоняться перед иллюзией Троицы, или Триединого Бога. Математические и духовные взгляды Ньютона шли вразрез с такой позицией. Поддерживая Ария, Ньютон объявил, что священники и епископы церкви в своем поклонении Христу занимаются идолопоклонством. Прочитав слова одного из своих единомышленников-ариан, Ньютон обнаружил: «То, что столь долго именовалось арианством, есть не что иное, как старое, неповрежденное христианство, а Афанасий послужил мощным, коварным и злокозненным орудием этой перемены». В своей записной книжке Ньютон провозглашал, что «Отец – Бог Сына».