А в 1707 году его собственные верования подверглись испытанию. Случилось это тогда, когда его друг Фатио де Дьюлле вступил в фанатичную французскую секту камизаров (гугенотов). Прибыв в Лондон, камизары объявляли, что стремятся к исполнению Откровения и уничтожению римского Антихриста. Ньютон ощутил инстинктивную симпатию к их тысячелетнему ультрапротестантизму. Современник вспоминает, что «сэр Исаак сам весьма склонялся к тому, чтобы пойти и послушать этих пророков, однако его, не без труда, удержал от этого поступка один из друзей, опасавшийся, что они заразят его своими убеждениями, как заразили Фатио». Прорицания камизаров о втором Великом пожаре в Лондоне и о том, как сгорит лорд главный судья, пришлись не по вкусу властям, и французских пророков заковали в кандалы. Ньютон слишком хорошо осознавал свое положение в обществе, чтобы рисковать и как-либо связывать с ними свое имя. Самого же Фатио поставили к позорному столбу, и сведений о его дальнейшем общении с Ньютоном не сохранилось.
В научной деятельности сэра Исаака имелись и менее противоречивые стороны. Так, он сделал латинский перевод «Оптики» и попросил своего молодого ученика Абрахама де Муавра подготовить его к публикации. Доктор Муавр позже вспоминал, как Ньютон поджидал его в кофейне «Слотерс» на улице Сент-Мартинслейн и как они затем вместе направились домой к Ньютону (это было совсем рядом), чтобы обсудить некоторые философские вопросы. Ньютон добавил еще несколько «задач» к этому латинскому изданию: в них он более откровенно рассуждал о строении Вселенной. Так, в «задаче 31» он намекает на «объединенную» теорию, показывающую взаимосвязь «сил тяготения, магнетизма и электричества».
В 1706 году его лекции по алгебре (как лукасовского профессора) были опубликованы под заглавием
Подготовку этого нового издания Ньютон поручил молодому математику Роджеру Котсу, имевшему храбрость (или безрассудство) указать на многие ошибки в Ньютоновых расчетах. Ньютон неохотно согласился внести соответствующие поправки и даже вступил в переписку с Котсом – одну из самых интенсивных в своей жизни. Впрочем, в следующем издании Ньютон предпочел умолчать о вкладе Котса: еще один пример его неутомимого желания быть во всем главным и единственным, самодержавно властвовать и управлять.
Кроме того, он все крепче сжимал в руках бразды правления Королевским научным обществом. Так, например, он хитроумными путями добивался исключения из состава совета Общества Джона Вудворда – по причине его неподобающего поведения, а достигнув цели, пометил крестиком имена всех, кто поддерживал Вудворда. Ему хотелось, чтобы на ближайших выборах в совет они потерпели поражение.
Он также проявил большое своенравие при выборе новых апартаментов для Общества. Вудворд некогда предоставил Обществу разрешение пользоваться для собраний его покоями в Грешем-колледже, однако после его исключения из совета Ньютон решил, что будет неблагоразумно полагаться на щедрость побежденного противника, а потому стал подыскивать новое помещение. Ранней осенью 1710 года на специальном заседании Ньютон сообщил, что в Крейн-корте, близ Флит-стрит, продается дом. Создали комиссию для изучения этого вопроса, и сэра Кристофера Рена отправили осмотреть выбранное здание.
На одном из собраний некоторые члены Общества жаловались, что их не уведомили о переезде из Грешем-колледжа, более того – они сомневались, что такой переезд вообще целесообразен. Один из участников собрания сообщал, что Ньютон ответил на это так: он заявил, что «не готов вступать в дискуссию на сей счет, но затем весьма свободно, хоть и, как представляется, не весьма любезно заметил, что у него имеются веские причины для такового перемещения, однако он не считает уместным излагать их здесь». В ответ его спросили, зачем же он организовал это собрание. Тогда он прервал заседание и отложил его на другой день – поступок авторитарного властителя. Дом в Крейн-корте конечно же приобрели.