Весной 1722 года Ньютон почувствовал себя плохо из-за камней в почках. Это стало предзнаменованием дальнейшего ухудшения здоровья, неуклонно продолжавшегося последние пять лет его жизни. Именно после этого приступа он назначил Генри Пембертона, одного из своих протеже, издателем собственных трудов. Не прошло и года, как он заболел еще серьезнее и отдал себя под опеку двух врачей. Он страдал, по описанию Кондуитта, от «расслабленности сфинктера пузыря», вследствие чего мочеиспускание происходило часто и обильно. Его посадили на фруктово-овощную диету, «которой он следовал весьма усердно». Ему посоветовали использовать портшез для передвижения и поездок, однако он настаивал на том, что будет ходить пешком, пока может. Он говаривал: «Покуда на ногах, будут ноги», что напоминает какую-то поговорку из детства. Ему уже исполнился восемьдесят один год. По сообщению Кондуитта, в 1724-м он «испустил из себя, безо всякой боли, камень размером с горошину, вышедший наружу двумя кусками, с некоторым промежутком». Мемуарист считал ценными даже такие, самые неприглядные подробности. Однако Ньютона гораздо более, чем камни в почках, беспокоило другое: в том же году в Париже неофициально опубликовали одну из версий его библейской хронологии. Он готовил «извлечения», или «краткую хронологию», для принцессы Уэльской. Эта-то выжимка и попала, кружным путем, в руки одного французского книгопродавца. И, словно чтобы еще усугубить обиду, это извлечение, под заглавием
Его так возмутил этот случай, что он затеял полное издание своей хронологии, однако перед самой смертью все еще редактировал его. Захария Пирс, настоятель церкви Святого Мартина в Полях, посетил Ньютона за несколько дней до его кончины. Он вспоминал, что «застал его переписывающим «Хронологию древних царств», без помощи очков, в комнате, на большом отдалении от окон, со стопкой книг на столе, отбрасывающей тень на бумагу». «Сэр, – заметил Пирс, – мне кажется, вы работаете там, где не очень-то хорошо видно». Ньютон отвечал: «Мне довольно и малого света». Автор «Оптики», с давних пор зачарованный механикой глаза, сохранил хорошее зрение до самого преклонного возраста. Пирс продолжает: «Он прочел мне два или три листа из тех, что написал… и затем говорил о прочитанном… Мне представляется, все это заняло почти час, пока ему не принесли обед».
В восемьдесят третий день рождения, на Рождество 1725 года, он показал Уильяму Стакли свой рисунок храма Соломона; он верил, что «
Таким образом, в старости его больше всего занимали библейские пророчества и библейская же хронология. Ему хотелось разгадать тайны Древнего мира – как и современного. Но он так никогда и не решил эту задачу до конца – прервалась его собственная хронология.