Другая великая научная книга Ньютона заметно отличается от «Математических начал натуральной философии»; она носит название Opticks: or a Treatise of the Reflexions, Refractions, Inflexions and Colours of Light («Оптика, или трактат об отражениях, преломлениях, изгибаниях и цветах света»). «Математические начала натуральной философии» – это завершенный синтез знания о земной и небесной механике, написанный математическим языком настолько сложным, насколько и закрытым, и поэтому понимаемый лишь специалистами. «Оптика», напротив, может считаться экспериментально несовершенной работой и даже неудавшейся, написанной без какой-либо математической поддержки. Однако она со всеми своими недочетами доступна даже тем, кто не имеет больших познаний в предмете. Наибольшее внимание привлекает ее часть, посвященная природе света и цвета, однако книга содержит большое количество разнообразных размышлений, которые делают понимание оптики более широким. Это разделы, посвященные линзам и конструкции телескопа или изучению зрения человека, включая работу зрительного нерва. Также в книге есть положения, практически никак не связанные с оптикой, например о пищеварении или циркуляции крови, принципах морали в философии или вопросах библейской истории, а также описание снов одержимых.
Хотя «Оптика» появилась только в 1704 году, почти через два десятилетия после «Математических начал натуральной философии», изучение природы света и цвета было одним из самых первых интересов английского гения. Его творческая работа в сфере оптики закончилась примерно в 1670 году, после этого он в основном разъяснял свои теории и результаты экспериментов: и в 1672 году, когда представил свою первую работу в этой сфере в «Философских трудах» Королевского общества, и в последнее десятилетие XVII века, когда занимался составлением «Оптики».
Представления Декарта о свете как вибрации частиц сделали среди ученых XVII века распространенной корпускулярную теорию света.