С первых же дней Ньютона подстерегали в Минте всевозможные неприятности. Едва он переступил порог, как оказался в водовороте бесчисленных комиссий палаты общин, пытавшихся обнаружить недостатки в работе Монетного двора. Первая комиссия была прислана по заявлению некоего Вильяма Шалонера, подавшего в Тайный совет письмо о неполадках в работе Минта и о методах предотвращения изготовления фальшивой монеты. В прошлом году Шалонер, обладавший многочисленными талантами, сочинил и распространил по стране памфлет, в котором утверждал, что новая монета после Большой перечеканки должна весить столько, сколько уже истёршаяся и обрезанная со всех краёв старая монета того же достоинства.
— Зачем, — вопрошал Вильям Шалонер, — тратить миллион фунтов, исправляя неполноценность стёршихся и спиленных монет?
Страна гудела в спорах. Памфлет, имевший большой успех, сделал его автора весьма популярным человеком.
В своём письме Тайному совету и канцлеру казначейства Монтегю Шалонер упоминал о «некомпетентности» Монетного двора, а также о том, что он сделал некие открытия, позволяющие усовершенствовать метод чеканки. Парламент насторожился. Была образована комиссия. Шалонер выступил перед ней. Распаляясь, он дошёл до обвинения в том, что на Монетном дворе изготавливают фальшивые деньги. Это происходит, по его мнению, из-за того, что в Минте работают узкие специалисты, которым нужно бы руководство человека, способного судить обо всём. Он имел в виду, конечно, себя и в качестве доказательства полного своего соответствия предложил два нововведения. Во-первых, делать по ребру монет канавку. Это, по его мнению, исключило бы возможность
Неясные подозрения стали посещать Ньютона в связи с этими предложениями. Чем объясняется столь повышенный интерес Шалонера к Минту? И хотя выводы комиссии палаты общин не подтвердили обвинений Шалонера, а его предложения не были приняты, в душе Ньютона осталось острое беспокойство. Оно окрепло, когда в 1697 году Шалонер вновь обратился в парламент. Он предложил, чтобы ему поручили обследовать работу Минта и оценить сделанные там усовершенствования. Назначенная палатой вторая комиссия потребовала показать Шалонеру все машины Минта. Кроме того, от Ньютона потребовали «предоставить в распоряжение Шалонера все инструменты, которые необходимы для демонстрации его метода». Ньютон категорически отказался выдать инструменты, сославшись на то, что изменения, предлагаемые Шалонером, включали знакомство с обработкой рёбер монет — тщательно охранявшимся государственным секретом, который Ньютон при вступлении в должность поклялся не разглашать. Одновременно он сообщил, что, по его мнению, проекты Шалонера являются непрактичными. Комиссия всё-таки настояла на выдаче инструментов и установила, что Шалонер «убедительно показал прекрасный метод чеканки денег, который, несомненно, предотвратит фальшивомонетничество». Шалонер на радостях выпустил даже небольшую листовку о должностных лицах Монетного двора. По Лондону поползли странные слухи — вплоть до того, что в Минте свили гнездо якобиты — и прямо намекали на гравёра католика Джона Роттерса и его сыновей. Одного из сыновей даже арестовали по подозрению в заговоре в целью убийства короля Вильгельма. Комендант Тауэра лорд Лукас не раз и не два врывался в Минт, в комнаты Роттерса, где безнадёжно искал бывшего короля Якова II. Теперь Шалонер грозился написать разоблачительную книгу о Монетном дворе, его работниках и руководителях. Вот тогда-то Ньютон решил поближе познакомиться с прошлым самого Шалонера, и в первую очередь — побеседовать с человеком, которого Шалонер рекомендовал в качестве борца с фальшивомонетчиками — с Томасом Галоуэем. И тот в конце концов признался, что не кто иной, как Шалонер, и есть главный фальшивомонетчик Англии. Ньютон начал вести следствие против Шалонера по всем правилам научного исследования, со всей присущей ему основательностью и страстностью. Он не пожалел денег и пустился в странствование по местам прошлой жизни Шалонера. То, что он выяснил и о чём сообщил Монтегю и секретарю казначейства Вернону, было столь же непостижимо, сколь и убедительно. Как только Шалонер вновь появился на Монетном дворе, Ньютон приказал задержать его, заковать в кандалы и отправить в Ньюгейтскую тюрьму.