Во второй половине XVII века по кремлю составлялись сметы, описи и ходатайства на отпуск средств для ремонтов, но трудно установить, велись ли какие-либо работы на данном участке. В сохранившихся документах следующего, XVIII столетия констатируется лишь все более и более ухудшающееся состояние стен северных прясел. Так, в описи 1765 года сообщается, что Зачатская башня «от стены отстала на сажень и болше и против ее с городу стена упала и з башни многие зубцы свалились (башню сдвинуло, и ее внутренняя часть обрушилась. —
Когда в 1785 году екатерининские власти решили навести порядок в кремле, то его северные стены с Зачатской и Борисоглебской башнями попросту разобрали и заменили менее высокими стенами. Правда, в них строители выдержали прежнюю конструкцию, соблюдали старые размеры камня и кирпича, тщательно выполняли кладку. Но новый фундамент был заложен по контуру смещенных оползнем стен башни неглубоко, под ним остался неслежавшийся грунт и фрагменты древней деформированной кладки. Поэтому стена прожила недолго, и в 1833 году составляется проект перекладки всего подгорного участка на свайном основании. Новая кирпичная ограда толщиной 1,2 м и высотой 4–6 м была поставлена несколько севернее прежней на нетронутом грунте. По верху ее был устроен проход, поддерживавшийся арками. Башни заменены воротами в стене, место Зачатской башни занял «сход к Живоносному источнику», а около прежней Борисоглебской был устроен «Духовской пролаз». Стена 1833 года, постепенно разрушаясь, продержалась немногим более ста лет.
Подлинные фрагменты Зачатской башни стали видны только в 1961 году, когда обрушилась закрывавшая их кладка XVIII века. Обнаружился верх сводчатого прохода, ведущего из башни в печуру в толще крепостной стены, а над ним несколько белокаменных ступеней. После расчистки был раскрыт проход шириной 110 см в боевую печуру, из которой начиналась каменная лестница наверх. От нее сохранилось пять ступеней высотой 34–36 см и шириной по 27 см, что значительно круче обычных для кремля лестниц, а также кирпичная облицовка стены с остатками наклонного свода (рис. 48). В дальнейшем здесь же был найден белокаменный угол между башней и стеной, в котором кладка уцелела на высоту около 1 м на протяжении 9 м к Белой башне. В плане стена отошла от первоначального створа на 12–15 градусов, а массив башни был смещен с первоначального положения и подвинут на 4,5 м в сторону реки. Сдвиг произошел в конце XVII — первой половине XVIII века и не зафиксирован письменными источниками. При последующем восстановлении стена была заложена по направлению к смещенной башне. «Сход к Живоносному источнику» состоял из трех помещений, причем в среднем находились ворота, а две боковые караульные камеры имели окна, обрамленные белым камнем и имитирующие бойницы.
Расчищенные в настоящее время части помещений в стене прясла у юго-западного угла башни, которые принадлежали ее воротному ярусу, показывают, что внутреннюю планировку Зачатской башни можно реконструировать по типу Никольской. Однако в ней, как и в Ивановской башне, ниже ворот не было казематов подошвенного боя.
Древняя стена на прясле между Георгиевской и Борисоглебской башнями сохранилась на протяжении 110 м от Георгиевской башни. Конец ее упирался в массив, конструкция которого ясно читалась на западном торце. Он состоял из кирпичного щебня, уложенного слоями толщиной по 30–40 см, пролитого известковым раствором, который почти нигде не проникал до нижнего слоя; внутри массива оставались пустоты и сухая щебеночная засыпка. Все это подтверждало, что работа выполнялась в XIX веке, что это был контрфорс, подпиравший в продольном направлении оставшуюся часть прясла и основанный на древней кладке из белокаменных блоков и большемерного кирпича.
Дальше вдоль по склону ниже поверхности земли были раскрыты сильно деформированные остатки трех помещений, разделенных стенами из маломерного кирпича, а также фрагменты перекрывавших их сводов. В соответствии с планом 1842 года, подписанным полковником Стремоуховым, их можно считать «Духовским пролазом», который после расчистки и исследования пришлось разобрать при реставрационных работах 1966 года (рис. 49).