Изменениям и усовершенствованию подверглись и способы переброски агентуры. Если в предвоенный период в основном это был пеший переход государственной границы и лишь изредка использовались самолеты и морской транспорт, то в 1942 г. и в последующее время наряду с массовой заброской агентов и диверсантов суходолом для преодоления линии фронта все чаще стала задействоваться авиация. Заброска агентов и диверсионно-разведывательных групп в этом случае предполагалась прежде всего в прифронтовые районы и глубокий советский тыл. Более широкое применение нашла доставка агентов и с помощью средств подводного и надводного флота, преимущественно в морские портовые города.
К концу того же года советским военным техническим службам и постам визуального наблюдения за воздушным пространством удалось наладить достаточно надежный контроль за полетами одиночных и групповых самолетов противника. Их появление, особенно в ночное время, небезосновательно подводило к мысли о десанте. С участием истребительных батальонов, сил территориальных органов внутренних дел, личного состава воинских подразделений, а нередко и местной самообороны районы возможной высадки блокировались, а затем тщательно прочесывались. Результаты, как правило, были успешными, особенно в случае задержания или явки с повинной одного или нескольких агентов. Парашютистов, оказавших вооруженное сопротивление, при невозможности их захвата истребляли на месте. Зная об ожидавшем возмездии, некоторые агенты заканчивали жизнь самоубийством. Большинство же предпочитало сдаться. Диверсионно-разведывательные формирования, проявившие жестокость в местах высадки или в районах своих действий, после задержания и допросов по законам военного времени иногда расстреливались на глазах населения. Некоторые уничтожались в районах высадки без суда и следствия. В сообщении НКВД (август 1942 г.) упоминалось о 222 задержанных парашютистах, 76 из которых прибыли добровольно с повинной, 15 было убито во время задержания, а «33 агента расстреляны публично на месте приземления в присутствии местных жителей, участвовавших в их розыске и задержании».
В докладной ГУКР СМЕРШ (июнь 1943 г.) в ГКО В. Абакумов отмечал: за период войны органами НКВД, НКГБ и военной контрразведки обезврежено 1040 парашютистов, переброшенных немецкими спецслужбами в советский тыл. Из них 464 (более 40 %) явились с повинной, 524 задержаны, из которых 310 военными трибуналами приговорены к ВМН, а 8 осуждены к различным срокам наказания, остальные содержатся под арестом. 12 агентов погибло при приземлении, а 40, оказавших сопротивление, убиты. Среди задержанных оказалось 263 радиста с «портативными коротковолновыми приемопередающими радиостанциями замаскированными в чемоданах и противогазных сумках».