а) Вильнюсский — в составе г. Вильно и уездов Вильнюсского, Тракайского и Швенчионского;
б) Каунасский — в составе г. Каунас и уезда;
в) Шауляйский — в составе г. Шауляй и уезда;
г) Паневежский — в составе Паневежского, Биржайского и Рокишского уездов;
д) Мариямпольский — в составе Мариямпольского, Шакяйского и Вилкавишского уездов;
е) Алитусский — в составе Алитусского и Сейнайского уездов;
ж) Тельшайский — в составе Тельшайского, Мажейкского и Кретингского уездов;
з) Утенский — в составе Утенского, Укмергского и Зарасайского уездов;
и) Кедайнский — в составе Кедайнского, Рассейняйского и Таурагского уездов.
Начальниками оперативных секторов, ответственными за работу расположенных на территории сектора органов НКГБ-НКВД, назначить:
Вильнюсского оперативного сектора — зам. наркома госбезопасности Литовской ССР полковника госбезопасности тов. Рудакова;
Каунасского оперативного сектора — зам. начальника 2 управления НКГБ СССР комиссара госбезопасности тов. Родионова;
Шауляйского оперативного сектора — зам. начальника УНКГБ по Тамбовской области подполковника госбезопасности тов. Назарова;
Паневежского оперативного сектора — зам. начальника УНКГБ по Горьковской области полковника госбезопасности тов. Веселова;
Мариямпольского оперативного сектора — зам. начальника УНКГБ по Калининской области полковника госбезопасности тов. Сененкова;
Алитусского оперативного сектора — комиссара милиции 3 ранга тов. Рудина;
Тельшайского оперативного сектора — начальника ОББ НКВД Молдавской ССР подполковника госбезопасности тов. Кульчицкого;
Утенского оперативного сектора — зам. начальника УНКВД по Ярославской области полковника тов. Краснова;
Кедайнского оперативного сектора — начальника отдела ГУББ НКВД СССР подполковника госбезопасности тов. Карлина.
Обязать зам. наркома госбезопасности СССР по кадрам тов. Свинелупова подобрать и направить в суточный срок в распоряжение НКГБ Литовской ССР сроком на 2 месяца 150 квалифицированных оперативных работников НКГБ СССР и УНКГБ тыловых областей СССР.
Обязать зам. наркома внутренних дел СССР по кадрам тов. Обручникова подобрать и направить в суточный срок в распоряжение НКВД Литовской ССР сроком на 2 месяца 300 оперативных работников.
Возложить на аппарат НКГБ-НКВД Литовской ССР и на прикрепленных работников задачи:
а) немедленно активизировать агентурно-оперативную и следственную работу;
б) провести мероприятия, обеспечивающие в кратчайший срок выявление, изъятие и полный разгром антисоветских литовских и польских националистических организаций, изымая оружие и нелегальную технику;
в) используя приданные части войск НКВД, ликвидировать оперирующие в уездах бандитские шайки из числа литовских и польских националистов, дезертиров Красной Армии, лиц, уклоняющихся от призыва в Красную Армию и других;
г) обеспечить изъятие скрывающихся в уездах Литовской ССР немецких солдат и офицеров;
д) очистить территорию Литовской ССР от немецкой агентуры, немецких ставленников и пособников, предателей и изменников Родины, карателей и других, обратив особое внимание на изъятие немецких парашютистов.
Начальникам оперативных секторов, руководителям оперативных групп, начальникам отделов НКГБ-НКВД Литовской ССР отчитываться в своей работе в установленные сроки.
Народным комиссарам Литовской ССР: госбезопасности тов. Гузявичюсу и внутренних дел тов. Барташунасу обеспечить руководство и контроль за выполнением настоящего приказа».
25 февраля 1945 г. нарком государственной безопасности СССР В.Н. Меркулов направил на имя Л. П. Берия доклад, в котором, в частности, было записано: «По состоянию на 25 февраля 1945 г. в г. Вильнюсе насчитывается 106497 жителей, из них поляков — 90000, литовцев — 8000. Кроме того, поляки проживают в 5 уездах Литвы: Вильнюсском, Тракайском, Алитусском, Швенчионском и Зарасайском. В этих уездах, включая г. Вильнюс, насчитывается около 350000 поляков. Кроме того, в других уездах Литвы небольшими группами проживает около 90000 поляков.
Для переселения поляков в Польшу на основании Соглашения между правительством Литвы и Польским комитетом национального освобождения от 22 сентября 1944 г. предполагалось переселить в Польшу 180000-200000 человек, в том числе 50000 из города Вильнюса».
Совместным приказом НКВД СССР и НКГБ СССР № 201/364 от 10 марта 1945 г. бывший начальник УНКГБ Челябинской области комиссар госбезопасности 3 ранга А.Н. Бабкин был назначен уполномоченным НКВД-НКГБ СССР по Латвийской ССР.
В целях разгрузки переполненных тюрем органы НКВД СССР использовали испытанный ранее прием, когда следственные заключенные направлялись для дальнейшего следствия в исправительно-трудовые лагеря, освобождая тем самым место для новых арестованных и снижая нагрузку на следственных работников тех или других областных аппаратов.