Приказом МВД СССР № 1293 от 9 сентября 1946 г. генерал-майор А.С. Калинин был освобожден от должности заместителя начальника ГУББ МВД СССР в связи с назначением начальником УМВД Крымской области, а приказом МВД СССР № 42 от 10 января 1947 г. заместителем начальника ГУББ МВД СССР был назначен бывший начальник 6 отдела того же главка полковник П.Л. Трофимов.
9 сентября 1946 г. заместитель министра внутренних дел СССР по войскам генерал-полковник А.Н. Аполлонов, находящийся в это время в городе Вильнюсе Литовской ССР, подписал приказ № 004, в котором было записано следующее: «В целях ликвидации банд „Варнас“, „Апинис“ приказываю:
1. В период с 11 по 13 сентября 1946 г. провести операцию в лесах северо-восточнее Мариамполя (карта района операции прилагается).
2. К операции привлечь следующие части и подразделения войск МВД:
а) 108 стрелковый полк общей численностью 500 чел.;
б) две мангруппы 94 погран. отряда общей численностью 500 чел.;
в) батальон МПВО общей численностью 150 чел.
3. Проведение операции возложить на генерал-майора тов. Панкина. Заместителем его по оперативной части назначить начальника Мариамполького уездного отдела МВД подполковника т. Ключенок.
4. Район операции, согласно прилагаемой карты, разбить на 10 боевых участков. В распоряжение начальников боевых участков выделить отряды численностью не менее 100 чел.
5. Начальникам боевых участков разбить свои отряды на РПГ численностью не менее 15 чел. в каждой, закрепив за ними определенный район действий. Начальниками РПГ назначить офицеров.
6. Начальнику Мариампольского уездного отдела МВД:
а) создать следственно-фильтрационную группу из числа опер, работников в количестве 3 чел.;
б) на каждый боевой участок выделить по одному опер, работнику в качестве заместителя начальника участка по оперативной части;
в) в период подготовки и проведения операции использовать все имеющиеся агентурные и следственные материалы о бандах, намеченных к ликвидации; в целях получения дополнительных данных о бандах установить ежедневные встречи с имеющейся агентурой;
г) подобрать и выделить из числа бойцов истребительных батальонов и по договоренности с местными сов. парторганизациями из числа сов. партактива проводников и переводчиков.
7. Отрядам в районы своих боевых участков выйти к 12 час. и начать операцию в 13 час. 11 сентября с.г.
8. РПГ вести непрерывный поиск бандитов в заданном районе, подвергая тщательной проверке документы у взрослого населения, а также тщательному просмотру все жилые и хозяйственные постройки, всякого рода укрытия в лесах и болотах. Всех подозрительных и без документов задерживать и передавать для фильтрации начальникам боевых участков.
9. При обнаружении бандитов и при боевых столкновения с ними вести бой на окружение и уничтожение бандитов. При попытке уклониться от боя немедленно организовывать и вести преследование бандитов до полного их уничтожения или захвата. Преследование вести непрерывно днем и ночью с полным напряжением сил независимо от границ боевых участков во взаимодействии с соседними РПГ и боевыми участками.
10. Активный поиск бандитов вести в дневное время. На период темного времени начальникам боевых участков выставлять максимум засад, секретов и других видов неподвижных нарядов, используя это же время для поочередного отдыха личного состава.
11. В распоряжение начальников боевых участков выделить розыскных собак.
12. Генерал-майору Панкину во избежание столновения отдельных подразделений между собой разработать условные знаки и сигналы взаимного опознования.
13. Начальнику ОУВС Литовского округа инженер-полковнику т. Горскому принять срочные меры к бесперебойному снабжению продовольствием и горючим все подразделения, принимающие участие в операции. Личному составу, занятому в операции, выдать усиленный сухой паек в разнообразном ассортименте, обеспечить обувью и заменить пришедшее в негодность обмундирование.
14. Предупредить весь личный состав, принимающий участие в операции и, в первую очередь, офицерский состав, об ответственности за всякого рода незаконные действия по отношению к местному населению.
15. Бойцов и офицеров, отличившихся при проведении данной операции, представить мне для поощрения.
16. О ходе операции докладывать мне по состоянию на 8.00 и 20.00 час. ежедневно.
17. Личному составу по окончании операции предоставить суточный отдых. Приказ разослать заинтересованным.
Проведение операции на основании вышеизложенного приказа № 004 от 9 сентября 1946 г. было возложено на заместителя командира 4 стрелковой дивизии ВВ МВД Прибалтийского округа генерал-майора И.С. Панкина. Подобные операции в этот же период в Литовской ССР проводились под руководством начальника ВВ МВД СССР генерал-лейтенанта П.В. Бурмака и начальника ВВ МВД Прибалтийского округа генерал-майора А.С. Головко.