Приказом НКВД СССР № 00852 от 28 апреля 1942 г. в составе ГУВВ НКВД СССР было организовано Управление войск НКВД по охране тыла Действующей Красной Армии (ДКА) во главе с бывшим начальником Разведывательного отдела ГУПВ и бывшим заместителем начальника ОББ НКВД СССР старшим майором государственной безопасности A.M. Леонтьевым (тогда же он был назначен заместителем начальника ГУВВ). Приказом НКВД СССР № 00792 от 4 мая 1943 г. это Управление реорганизовали в Главное управление НКВД СССР по охране тыла Действующей Красной Армии во главе с комиссаром государственной безопасности A.M. Леонтьевым. Приказом НКВД СССР № 1878 от 13 сентября 1943 г. новым начальником этого Главного управления был назначен бывший начальник Управления и войск НКВД по охране тыла Северо-Западного фронта генерал-майор И.М. Горбатюк. А.М. Леонтьев тогда же стал начальником ОББ НКВД СССР. Приказом НКВД СССР № 001206 от 13 октября 1945 г. Главное управление войск НКВД по охране тыла Действующей Красной Армии было расформировано, а его бывший начальник генерал-лейтенант И.М. Горбатюк стал начальником УНКВД Ивановской области.
28 апреля 1942 г. Л.П. Берия доложил в ГКО об итогах деятельности войск НКВД по охране тыла Действующей Красной Армии, где говорилось, что во исполнение постановления СНК СССР от 25 июня 1941 г. были организованы управления войск НКВД по охране тылов фронтов: Карельского, Ленинградского, Волховского, Северо-Западного, Калининского, Западного, Брянского, Юго-Западного, Южного, Крымского и 7 отдельной армии (док. № 26).
В отчете НКВД СССР в ГКО от 8 января 1944 г. о деятельности войск НКВД по охране тыла ДКА за 1943 год, в частности, говорилось: «За истекший год войсками НКВД по охране тыла фронтов ликвидировано 114 бандитских групп с общим количеством участников 636 человек и арестовано 160 бандитов-одиночек.
Бандитский элемент состоял преимущественно из ставленников и пособников немецких оккупантов и бывших военнослужащих Красной Армии, дезертировавших из частей и вставших на путь бандитизма.
Наиболее пораженными бандитским элементом оказались тылы 1,2,3,4 Украинских и бывшего Северо-Кавказского фронтов, где было ликвидировано и арестовано 604 бандита» (док. № 31).
12 декабря 1941 г. Л.П. Берия подписал приказ НКВД СССР № 001683, которым начальникам прифронтовых УНКВД было предписано в местностях, освобожденных Красной Армией от войск противника, организовать работу городских и районных отделов-отделений НКВД.
В первую очередь органы НКВД были обязаны:
организовать выявление и изъятие агентуры немецких разведывательных органов, которая будет оставлена противником для подрывной работы в тылу Красной Армии;
организовать охрану общественного порядка, борьбу с бандитизмом, грабежами и спекуляцией;
совместно с оперативно-чекистскими группами транспортных отделов НКВД обеспечить безопасность движения поездов;
организовать выявление и изъятие у населения огнестрельного оружия и радиоаппаратуры;
развернуть следственную работу по выявлению и преданию суду лиц, причастных к антисоветской работе (док. № 21).
20 января 1942 г. был подписан приказ НКВД СССР № 00148 об оперативно-чекистской работе на территории Белорусской ССР, освобожденной от войск противника. Организация указанной работы была возложена на наркома внутренних дел БССР и заместителя начальника Управления особых отделов НКВД СССР Л.Ф. Цанаву.
10 декабря 1942 г. заместитель НКВД СССР Б.З. Кобулов подписал директиву № 553 о мерах по усилению борьбы с бандитизмом и дезертирством, в которой говорилось, что пополнение существующих и организация новых бандитских групп происходит, в основном, за счет дезертиров и уклоняющихся от службы в Красной Армии. Большинство органов НКВД борьбу с бандитизмом проводило лишь путем преследования бандитско-дезертирских групп милицейско-войсковыми силами, без сочетания этих мероприятий с агентурно-оперативной работой. Указанной директивой наркомам и начальникам НКВД-УНКВД республик, краев и областей предлагалось усилить агентурно-оперативную работу по борьбе с бандитизмом, а также предавать суду заочно как изменников Родины дезертиров, принимающих активное участие в бандитско-повстанческих формированиях, представляя дела на членов их семей на рассмотрение Особого совещания НКВД СССР (док. № 27).
В период оккупации территории Советского Союза германскими войсками в 1941–1944 гг. там было развернуто партизанское движение, в котором участвовало около 1255200 человек, из них:
в Белоруссии — 440000 человек (87 из них стали Героями Советского Союза и 120000 были награждены орденами и медалями);
на Украине — свыше 500000 человек (95 человек были удостоены звания Героя Советского Союза и 185000 человек награждены орденами и медалями);
в Латвии — свыше 12000 человек (из них звание Героя Советского Союза получили 3 человека и 1100 человек были награждены орденами и медалями);
в Литве — свыше 10000 человек (из них 7 Героев Советского Союза и 1800 награжденных орденами и медалями);