В 1808 г. Наполеон сделал брата королем Испании (1808–1813), а на освободившийся неаполитанский трон посадил мужа (с 1800 г.) своей сестры Каролины (1782–1839), маршала Франции (с 1804 г.), великого герцога Бергского и Клевского (с 1806 г.) Иоахима (Жоашена) Мюрата (1747–1815) — кстати сказать, в молодости пламенного революционера и республиканца, ходатайствовавшего в 1793 г. о перемене фамилии на Марат, в память убитого лидера крайних радикалов-революционеров Жана Поля Марата (1743–1793). Мюрат долгое время верно служил Наполеону, в 1809 г. отбил попытку сицилийцев (остров оставался за Фердинандом), возглавляемых сыном Фердинанда Франциском (1777–1830; король Франциск I с 1825 г.), высадиться в Калабрии (армия Франциска бежала с поля боя), участвовал в Московском походе в 1812 г., но в 1813 г. отказал Наполеону в поддержке и заключил союз с Англией и Австрией в надежде удержать за собой неаполитанский престол. Первоначально ему это удалось, и после падения Наполеона в 1814 г. Фердинанд оставался королем только Сицилии. Однако в 1815 г., когда Наполеон попытался вернуть себе власть («Сто дней»), Мюрат вторгся в папские владения, 2 мая был наголову разбит (войско Мюрата просто разбежалось) при городе Толентино, бежал во Францию, а Неаполь 23 мая занял, наконец, Фердинанд. Мюрат прибыл во Францию, но Наполеон не пожелал его видеть и приказал ему оставаться на юге Франции. После вторичного падения Наполеона Мюрат вознамерился вернуть себе власть в Неаполе. 28 сентября 1815 г. с отрядом в 26 человек (первоначально отряд насчитывал около 250 человек, но часть их рассеялась по пути, часть не смогла достичь берегов Италии из-за шторма) он высадился в Италии, в ночь с 8 на 9 октября был арестован, 13-го судим военно-полевым судом, 15-го расстрелян.
Фердинанд в 1816 г. принял титул короля Обеих Сицилий (Фердинанд I), что знаменовало не только окончательное объединение Неаполитано-Сицилийского королевства, но и уничтожение автономии Сицилии. Последние годы своей жизни Фердинанд правил самовластно, опираясь на духовенство. Когда в 1820 г. вспыхнуло восстание с требованием демократических перемен, Фердинанд согласился на введение конституции, но тут же покинул страну, обратился за помощью к Австрии и, вернувшись в феврале 1821 г. после штурма и жестокого разорения Неаполя, отменил конституцию и начал жестокие казни.