В 27 матчах Мануэль Нойер пропустил всего 13 мячей, но и сам отдал уже гораздо больше передач, чем в предыдущем сезоне. Нойер говорил: «Так как под руководством Гвардиолы наша защита стала ещё сильнее, я много участвую в игре. Я как единственный либеро должен запускать серию передач и выстраивать игру. Конечно же, я знаю, что мои коллеги во время игры пытаются меня найти. Но они же не могут слепо отдавать мяч назад, потому что они не знают, где я в этот момент нахожусь. Раньше они могли так делать. Тогда вратарь стоял не дальше линии штрафной площади. Сегодня мне часто приходится кричать, чтобы они могли сориентироваться, где я нахожусь».
5 апреля 2014 года, в 29-м туре сезона-2013/14, досрочно завоевавшая чемпионство «Бавария» отправилась на выездной матч с «Аугсбургом». В 17:22 Мануэль Нойер и остальные впервые с 28 октября 2012 года, то есть за 524 дня и 53 матча в лиге, вновь потерпели поражение, андердог одержал верх – 1:0. 33 игры на чужом поле команда оставалась непобедимой. Впервые за 65 матчей Бундеслиги баварцы ушли с поля, ни разу не забив. Гвардиола не взял с собой из Мюнхена ни Лама, ни Рибери, ни Роббена. Данте, Рафинья, Боатенг, Алаба, то есть вся цепочка защитников, выступавшая в Лиге чемпионов, а также Гётце и Мюллер в начале матча сидят на скамье запасных. К концу сезона старый-новый чемпион решил ослабить хватку. В результате «Баварии» не удалось улучшить свой результат по числу пропущенных мячей. В сезоне-2012/13 их было 18, на этот раз – 23. Результаты Нойера остались теми же, что и в прошлом году. Он так же вышел на поле в 31 матче. А точнее, в 30,5, потому что в 30-м туре чемпионата в домашнем матче против дортмундской «Боруссии» он на 45-й минуте покинул поле из-за травмы. На тот момент «Боруссия» вела 1:0. Вместо Нойера в ворота встал 20-летний Лукас Рэдер, который играл в молодёжной команде «Шальке» под руководством Норберта Эльгерта и тренера вратарей Лотара Матущака, и в этом матче пропустил ещё дважды. (После этого сезона Рэдер перейдёт в португальский клуб «Витория».) А в 29-м туре в выездном матче против «Хоффенхайма» в воротах будет стоять Том Штарке (3:3).
Когда с чемпионским титулом всё стало ясно, основные силы были направлены на защиту титула победителя Лиги чемпионов. В 1/8 финала «Баварии» – как уже было в прошлом году – пришлось столкнуться с лондонским «Арсеналом». «Канониры» и в этот раз проиграли чемпиону Германии на своём поле. Однако победа 2:0, одержанная благодаря Кроосу (на 54-й минуте) и Мюллеру (на 88-й), лишь спустя восемь минут после начала матча могла обернуться счетом 2:0 в пользу хозяев. На седьмой минуте Нойер блестяще перехватил хлесткий удар Яя Саного. И уже через несколько минут вступил в дуэль со своим бывшим одноклубником и земляком из Гельзенкирхена Месутом Озилом, после того как его в штрафной площади свалил Боатенг. Пострадавший сам взялся бить пенальти, но не смог переиграть Нойера. «Конечно, я хорошо знаю Месута. С ним нужно долго ждать и поздно реагировать». Журнал Focus присудил Мануэлю звание «прачки» «Баварии»: «Он удаляет пятна с баварской защиты, а потом ещё и сглаживает промахи». В ответном матче «Баварии» хватило ничьей 1:1, чтобы пройти дальше.
В четвертьфинале команду ждал опасный соперник – «Манчестер Юнайтед». На стадионе «Олд Траффорд» команды разошлись миром (1:1). «Юнайтед» получил отличную возможность открыть счёт ещё в первом тайме: Уэйн Руни на бегу принял мяч от Дэнни Уэлбека. Вступивший с ним в единоборство Жером Боатенг упал навзничь, и форварду «красных дьяволов» путь к воротам был открыт. Где-то за 13 метров до них он попытался перекинуть Нойера, который, выйдя из ворот, находился лишь в трёх метрах от него. Но баварский голкипер, во-первых, занял правильную позицию, а во-вторых, заранее просчитал передачу Уэлбека. Ему удалось отбить мяч правой рукой и затем зафиксировать его. В ответном матче «Бавария» сначала оказалась не в лучшей ситуации, но в итоге выиграла 3:1.
И снова в финал вышел клуб из Испании. Как и два года назад, этой командой стал мадридский «Реал». На стадионе «Сантьяго Бернабеу» баварцам довелось узнать, что соперник не собирался играть на своей половине поля, в основном защищаясь, и отыгрываться на контратаках. А в составе «Баварии» нет Рибери, который обычно ускорял атаки мюнхенцев. На другой стороне поля Роббен постоянно натыкался на двух игроков из команды соперника, потому что баварцы слишком медленно меняли позицию. «Реал» выиграл 1:0, в том числе благодаря тому, что на 84-й минуте Гётце упустил шанс сравнять счёт.