Впоследствии Главному Командованию Советских Вооруженных Сил стало понятно, что войска первого стратегического эшелона не смогут остановить продвижение противника и тем более нанести соответствующий удар и перенести боевые действия на враждебную территорию. Жизнь поставила новое задание — путем проведения оборонных операций обескровить врага и создать условия для контрнаступления. 30 июня были переданы боевые распоряжения об организованном отходе войск ЮЗФ с целью подготовки и осуществления обороны по рубежу УРов старой государственной границы с 9.7. Промежуточный рубеж отхода Сарны, Острог, Чорткив, Коломыя, Берегомет было приказано удерживать до 6.7. С этого же времени должен был начаться отход правого крыла ЮФ на рубеж р. Днестр.
В то время, когда на направлении гл. удара противника приграничное сражение завершалось, в полосе ЮФ румынские войска, ожидающие завершения развертывания немецкой 11А, вели разведку боем с целью увеличения плацдармов на восточном берегу р. Прут. Отсутствие здесь в июне крупномасштабных боевых действий позволило советскому командованию подготовиться к отражению вторжения главных сил противника и встретить его наступление, начавшееся с 1 июля, более организованно. Главный удар противника, наступающего в общем направлении на Могилев-Подольский, Жмеринку, приняла на себя недавно созданная на основе управления Харьковского военного округа 18-я армия. 3 июля противнику удалось захватить плацдармы на левом берегу Прута в районе Ясс, отсюда он развернул наступление на северо-восток и за шесть дней продвинулся до 60 км. Темп и глубина наступления немецких и румынских войск на Могилев-Подольском направлении по сравнению с другими участками советско-германского фронта были невысокими.
Однако положение войск ЮЗФ и ЮФ значительно ухудшилось. Отсутствие взаимодействия между войсками 5-й и 6-й армий ослабило стык между ними. Противник бросил в направлении на Острог два моторизованных корпуса. Попытка командования Юго-Западного фронта прикрыть это направление силами двух дивизий 7-го стрелкового корпуса, переброшенного из Южного фронта, опоздала и стала неудачной. Войскам ЮЗФ реализовать замысел на отход и организацию оборонной операции по линии старой границы в полной мере не удалось. Немецкие войска, продолжая наносить главный удар в направлении Ровно, Житомир, Киев и второй удар в направлении Тарнополь, Проскуров, Винница, с 1 по 9.07 преодолели сопротивление советских войск в Шепетовском, Изяславском, Старо-Константиновском, Проскуровском УРах первой полосы и Новоград-Волынском УРе второй полосы. До 9.07 соединения и части ЮЗФ отступили на рубеж: Коростенский УР, к востоку от Житомира и Бердичева, Остропольский, Летичевский, Каменец-Подольский УРы. Войска правого крыла Южного фронта к этому времени вели оборонные действия на фронте Каменец-Подольский, Могилев-Подольский, западнее Кишинева. Левофланговые дивизии 9-й армии, взаимодействуя с Дунайской военной флотилией, продолжали оборону рубежей по рекам Прут и Дунай.
В ходе приграничного сражения советские войска боролись в условиях, когда немецкое командование захватило инициативу, а авиация противника господствовала в воздухе. Это стало причиной исключительно напряженной борьбы и сложности в управлении войсками. Следствием боевых действий в приграничном сражении стал отход войск ЮЗФ вглубь до 250–300 км. Войска фронта, имея количественное преимущество над противником, не смогли остановить вторжения, разгромить ударную группировку врага и перенести боевые действия на его территорию, они потерпели поражение и оставили Западную Украину. Передовые отряды немецких войск 11.9 вышли на подступы к Киеву. Потери советской стороны в приграничном сражении на Украине: безвозвратные — более 172 тыс. чел., санитарные — около 70 тыс. чел., а также 4381 танк, 5806 пушек и минометов, 1218 боевых самолетов. По нашему мнению, прямая вина за одну из наибольших катастроф советских войск в начальный период войны лежит на командовании Юго-Западного фронта. Оно оказалось несостоятельным должным образом осуществлять управление большими массами войск. Генерал-полковник М. П . Кирпонос, который за год до того, будучи еще полковником во время Финской войны показал себя как успешный командир дивизии, не имел соответствующей теоретической подготовки и практического опыта в руководстве большими массами войск. Опытные руководители из управления Киевского округа были репрессированы в довоенные годы на 80 процентов. Отсутствие надлежащего опыта у командного состава стало одной из причин поражений советских войск в начальном периоде войны.